Utermann等于1975年首先觀察到ApoE多態性，利用等電聚焦電泳和SDS-PAGE可以確認ApoE的多態性，其后又被直接檢測的cDNA序列所證實。ApoE有三種構體（isoform）即E2、E3和E4。有的人只含有一種主要異構體，即為純合子；有人可含兩種主要異構體，即為雜合子。由此可見，人群中可有六種不同的表型（phenotype）。
各種生物都能通過生殖產生子代，子代和親代之間，無論在形態構造或生理機能的特點上都很相似，這種現象稱為遺傳（heredity），但是，親代和子代之間，子代的各個體之間不會完全相同，總會有所差異，這種現象叫變異（variation）。遺傳和變異是生命的特征。遺傳和變異的現象是多樣而復雜的，正因為如此，才導致生物界的多種多樣性，生物體所具有的遺傳性狀稱為表型或表現型（phenotype），生物所具有的特異基因成分稱為基因型（genotype）。表型是基因型與環境因素相互作用的結果。遺傳物質是相對穩定的，但又是可變的，遺傳物質的變化以及由其所引起表型的改變，稱為突變（mutation）。遺傳物質的突變包括染色體畸變和基因突變。基因突變是染色體中某一點上發生化學改變，所以又稱為點突變（point mutation）。基因結構和遺傳表型的研究是深入了解脂蛋白代謝缺陷癥的分子生物學基礎，逆向遺傳學方法（reversegenetic approach）則使其有可能在蛋白質水平系統地分析結構和功能的關系。現已采用一個特定的cDNA探針從基因庫中篩選所需要的基因進行cDNA克隆，測定其核苷酸序列，然后從核苷酸序列推斷蛋白質氨基酸序列。已分離出許多與動脈粥樣硬化有關的脂蛋白的cDNA克隆，并將其蛋白質一級結構的氨基酸排列順序和基因的核苷酸順序測出。現已查明，ApoAⅠ,ApoⅣ,ApoE, ApoB, ApoCⅡ和Apo（a）都存在著異構體，也就是說存在著各種不同的表型或基因型，并可分別從蛋白質水平和核酸水平進行分型。
Zannis于1981年根據ApoE表型提出ApoE基因模型，認為ApoE的合成是由位于一個基因位點上的三個等位基因所控制，即E2、E3和E4，每一個等位基因對應于一個主要異構體產生三種純合子（E2/2，E3/3，E4/4）和三種雜合子（E2/3，E2/4，E3/4）共六種常見表型，另外還有極少見的異構體。一般認為，次要異構體是由主要異構體翻譯后，經唾液酸糖化修飾后轉變而來。ApoE3/3型又稱野生型。ApoE的氨基酸序列的112位和158位兩種氨基酸殘基即精氨酸（Arg）和半胱氨酸（Cys）的交換決定了異構體的種類。ApoE4在這兩個位置上都是Arg；E2都是Cys；112位為Cys和158位是Arg者為ApoE3異構體，自然人群中，基因頻率ε3分布最高，ApoE3/3表型分布約70%。
由于ApoE多態性具有生物學重要性，對ApoE多態性的研究是醫學的熱門話題。ApoE表型和基因型的檢測方法很多，多年來先后采用等電聚焦電泳和基因分析術進行檢測。從基因水平研究ApoE基因型顯然優于其蛋白表型，因為ApoE翻譯后修飾會影響蛋白分析。