(一)酶的輔酶、輔基或金屬離子。它們和酶蛋白結合以后，能使酶具有催化活力，否則無催化活性。
(二)噬菌體吸附所必需的物質。例如色氨酸是大腸桿菌噬菌體T4和T6的輔助因子。
(三)從廣義上說，凡能促進酶及反應物進入活化狀態從而加速酶催化反應的物質都能稱為輔因子，它包括種類很廣的物質。英漢生化詞典將輔因子（cofactors）定義為“一種酶的活性所需要的一種非蛋白質成分”。這種輔因子可能是一種金屬離子激活劑或一種有機分子（輔酶）。它們或松或緊地與酶相結合；緊密接合的輔因子稱為“輔基”。將激活劑（activator）定義為“一種金屬離子，作為一種酶的輔助因子”。