逆轉錄 PCR(Reverse TranscriptionPCR, RT-PCR)是一種以 RNA 為樣本,RNA鏈被逆轉錄成為互補 DNA(cDNA),再以此為模板通過 PCR 進行 DNA 擴增。在實際應用中,RT-PCR 分為一步法 RT-PCR 和兩步法 RT-PCR。整個反轉錄實驗過程有三個重要的因素,分別是RNA模板、反轉錄時所使用的引物類型、反轉錄酶 。

高質量的 RNA 基本有幾個參數可供參考,首先是 OD260/280 以及 OD260/230的值應該都是 2.0 左右,如果 OD260/280 小于 1.9,說明 RNA 中有一些蛋白質的殘留,如果這個值大于 2.1,則很可能樣本中 RNA 有一定的降解。OD260/230如果小于 2.0,說明 RNA 中含有異硫氰酸胍,酚殘留,而這些物質對逆轉錄反應影響是非常大的。另外就是瓊脂糖凝膠電泳檢測 RNA 的完整性,正常的 RNA一般呈現三條帶,即 5s、18s、28s,其各自的亮度呈現遞增狀態,依據物種不同可逆轉錄 PCR能存在些許差異。當 RNA 出現降解時,反饋最明顯的是 5s rRNA 的亮度顯著提高。上圖展示的分別是高質量 RNA、稍有降解以及完全降解的實例。
提取到了高質量的 RNA模板后,下一個需要考慮的問題便是引物的選擇了。通常,反轉錄引物有三類,分別是 oligodT、隨機引物和序列特異性引物:oligodT引物能特異性結合在含有 polyA 尾的 mRNA 末端起始反轉錄反應,但這一特性決定了它只能擴增含有 polyA 尾的 mRNA,而且對 RNA 模板的質量要求較高,一旦 polyA 尾發生降解,就不能被引物所識別,從而導致產物中沒有相應基因的cDNA;隨機引物一般含有 6-9 個隨機序列的堿基,能夠隨機識別結合在 RNA 模板上,因此這類引物的優點在于能同所有類型的 RNA 結合,而且比較適合于含有二級結構的 RNA 及微量樣本,具有較高的反轉錄靈敏度。

但缺點在于,結合的隨機性會造成 cDNA小片段較多,有時候還會對微量目的片段造成稀釋;序列特異性引物,顧名思義,針對于特定的序列設計的反轉錄引物,用于特異性的反轉錄某一段序列。在實際的應用中,我們通常會研究同一個個體或細胞中不同基因表達水平的變化,因此序列特異性基因相對用的少一些。Solis BioDyn 可供的反轉錄預混液中可提供多種不同的引物(oligodT、隨機引物、以及 oligodT 與隨機引物的結合)供您選擇,滿足您的一切實驗需求!
Solis BioDyn 可提供兩種逆轉錄酶:分別是 MMLV(RNase H+)和 SOLIScript(RNase H-)逆轉錄酶。RNase H,是一種核糖核酸內切酶,可以特異性地水解DNA-RNA 雜合鏈中的 RNA,不能水解單鏈或雙鏈 DNA 或 RNA。