色譜柱在使用中很常見的問題就是柱壓升高，如果柱壓是在長時間使用過程中緩慢增加，屬于正常現象。但柱壓在使用過程中突然升高(系統管路堵塞及壓力傳感器故障除外)，可能的原因有如下幾點：
(1)色譜柱頭的過濾篩板堵塞或污染；
(2)色譜柱頭的填料被樣品污染；
(3)色譜柱內緩沖液中的鹽遇到高濃度的甲醇或其他有機溶劑，形成結晶析出；
(4)流動相pH值過大或過小使固定相結構破壞或溶解。
解決辦法如下：
(1)如確定是色譜柱頭的過濾篩板被污染，可以將色譜柱反方向用甲醇沖洗至正常壓力，或者卸下色譜柱頭，將其放在10%的稀硝酸內超聲清洗10分鐘，后再用純水超聲10分鐘，重新裝入色譜柱。
(2)如確定色譜柱頭的填料被污染，將柱頭螺絲卸下，挖出柱內前段被污染的填料，用相同的柱填料重新填入，仔細修復后，重新安裝上柱頭螺絲。
(3)如確定定是鹽結晶，用10%的甲醇/水沖洗色譜柱使柱內鹽全部溶解，再換高濃度甲醇。
(4)如果因pH值使用不當，很難恢復。
在選擇色譜柱之前，先多了解自己的樣品和雜質，他們的類型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等。
1.樣品是極性的且弱酸性的;就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色譜柱
2. 如果樣品極性太強，或酸性太強;可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC(親水色譜)，也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱(缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否 則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗)
3. 若樣品是堿性的;可選擇高純硅膠柱(高純硅膠缺少金屬雜質，且硅膠端基封尾)或一些經過修飾的C18柱(如極性嵌入技術或堿去活技術等)，他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留
4.如果堿性化合物的極性太強，或堿性太強;可以選擇寬pH的C18色譜柱在高pH值檢測(優點是方法開發簡單，缺點是目前實 現這一技術的色譜柱品牌比較少，價格也高)或者選用HILIC色譜柱(硅膠柱在反相條件下使用，這也是很經典的檢測堿性樣品的方法)選擇強離子交換柱(缺點 是不能用來分析其它樣品，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗)也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱。