熒光儀光源，在熒光參數測量前對熒光儀光源有明確的認識是非常有必要的。以調制式的葉綠素熒光儀為例，通常會配置四種光，測量光ML，光化光AL，飽和脈沖光SP，遠紅光FR。測量光，光強比較弱（＜1μmolm-2s-1），具有調制頻率，用于信號檢測，測量前需要調整測量光強度(Int.)和頻率(Freq.)使熒光信號達到基本檢測要求。測量光強度過高， Fm 測定時可能會因為過飽和被低估，如果測量光強度太低，則不會使用滿量程，誤差增大。光化光，是誘導植物發生光合作用的光，又叫作用光。常見的熒光儀光化光光源有兩種， 460nm左右的藍光或630nm左右的紅光。光化光的強度通常也是可以調節的，以適應不同的實驗需求。但是請注意，光源出口與樣品的距離會改變樣品表面的光強。所以測量前務必明確到達樣品表面的光強具體是多少。很多設備的出廠設置都是預設的，安裝調試時最好執行光強校準，確保軟件或者報告里的PAR值與樣品水平的實際光強值一致。飽和脈沖，脈沖調制式熒光儀除了上述兩種光還有一種飽和脈沖光，而連續激發式熒光儀通常只有飽和脈沖光。飽和脈沖在熒光儀中通常是用來計算數據的，光強比較強，一般都要大于3000μmolm-2s-1。為適應不同樣品類型和實驗要求，飽和脈沖的強度和持續時間通常也是可以調節的。遠紅光，有些品牌或型號的熒光儀還會搭載用于激發光系統Ⅰ的遠紅光，遠紅光可以用來測量Fo’，暗弛豫，狀態轉換。