1、由于樣品制備技術的限制，對大多數生物樣品來說，一般只能達到2nm的分辨率。
2、電鏡圖像的分辨能力不僅取決于電鏡本身的分辨率，而且取決于樣品結構的反差。
3、電鏡所用的光源是電子波，波長在非可見光范圍內無顏色反應，所形成的圖像是黑白圖像，要求圖像必須具有一定的反差。
4、生物體組織和細胞成分主要有C\H\O\N等輕元素組成，它們的原子序數較低，電子散射能力弱，相互之間的差別又很小，電鏡下的圖像反差一般較低。
5、由于電子束的穿透能力較弱，樣品必須制成超薄切片。
6、觀察面小，載網直接能夠為3mm,超薄切片范圍為0.3-0.8mm.
7、電子束的強烈照射，易損傷樣品，發生變形、升華等，甚至被擊穿破裂，可能使觀察結構產生假象。
8、觀察時電鏡鏡筒必須保持真空，為了保證樣品在真空下不損傷，對樣品要求應無水分。因此，不能觀察活體的生物樣本。
9、生物制樣復雜，在步驟繁多的制樣過程中，樣品容易產生收縮、膨脹、破碎以及內含物丟失丟失等結構改變。
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