實驗方法原理 本方案闡述了一種快速估計 λ 噬菌體原種中 DNA 含量的方法。該方法首先可用于發現原種和裂解物中的噬菌體顆粒的得率是否能滿足大量純化的需要,其次可用于檢測純化過程,以找到出問題步驟。
實驗材料 λ 噬菌體 DNAλ 噬菌體裂解物或原種
試劑、試劑盒 2.5X SDS-EDTA 染料混合物DNaseⅠ稀釋緩沖液胰 DNase Ⅰ
儀器、耗材 瓊脂糖凝膠水浴
實驗步驟
一、材料
1. 緩沖液和溶液
2.5X SDS-EDTA 染料混合物
2. 酶和緩沖液
DNaseⅠ稀釋緩沖液,胰 DNase Ⅰ (1 mg/ml)
3. 凝膠
瓊脂糖凝膠(0.7%),用 0.5X TBE,含 0.5 μg/ml 溴化乙錠
4. 核酸和寡核苷酸
λ 噬菌體 DNA ( 對照 DNA)
5. 專用設備
預置于 65℃ 的水浴
6. 載體和菌株
λ 噬菌體裂解物或原種
二、方法
1. 按如下方法配置胰 DNaseⅠ 的工作液(1 μg/ml):1 μl DNase Ⅰ 儲液加 1 ml 冰冷的 Dnase Ⅰ稀釋緩沖液進行稀釋。
2. 將封口的試管輕輕上下顛倒數次使溶液混勻,注意別產生氣泡和泡沬。在使用前將工作液貯存于冰浴中,用后舍棄。
平板裂解物的粗制品得到一條清晰的 λ 噬菌體 DNA 帶。但是,液體裂解物一般含細菌 DNA 片段,在瓊脂糖凝膠中將干擾噬菌體 DNA 帶。在用 SDS 和 EDTA 處理釋放 λDNA 之前,先用胰 DNaseⅠ 處理噬菌體顆粒,將能避免該問題的產生。
3. 將 10 μl 噬菌體裂解物或原種的粗制品轉移至一微量離心管中,加 1 μl 胰 DNase 工作液,37℃ 溫育 30 min。
4. 加入 4 μl 2.5X SDS-EDTA 染料混合物,65℃ 溫育 5 min。
這一步使噬菌體的外殼破裂,釋放病毒 DNA,同時使 DNase 失活。
5. 將樣品上樣于含 0.5 μg/ml 溴化乙錠的 0.7% 瓊脂糖凝膠中。
用 5 ng、25 ng 和 100 ng 的 λ 噬菌體 DNA 作對照。
6. 在小于 5 V/cm 的電場下電泳,直到溴酚藍遷移 3~4 cm。
如果電壓太高,DNA 帶將出現拖尾現象。
7. 在紫外線下觀察凝膠。用標準 DNA 的熒光密度作對照,估算測試樣品中 λ 噬菌體 DNA 的量。
10 μl 的高滴度裂解物應含有 10~50 ng 的噬菌體 DNA。