異基因造血干細胞移植（Allo-HSCT）可能治愈MDS，但隨年齡增加移植相關并發癥也有所增加。適應證如下：
1、FAB分類中的RAEB、RAEB-t、CMML及MDS轉化的AML患者生存期短，是Allo-HSCT的適應證。
2、IPSS系統中的中危-2及高危MDS是進行Allo-HSCT的適應證。IPSS高危染色體核型的患者預后差，宜進行Allo-HSCT。
3、嚴重輸血依賴，且有明確克隆證據的低危組患者，應該在器官功能受損前進行Allo-HSCT。
4、MDS患者有強烈移植意愿。
