在胚胎發育期，由于心內膜墊組織融合過程中的發育障礙所致。
除有原發孔房間隔缺損外，可有不同程度的房室瓣葉斷裂。二尖瓣大瓣裂的程度，可從瓣膜邊緣的小缺口到瓣葉的完全分裂不等，分裂的瓣膜組織邊緣常增厚卷縮，導致二尖瓣關閉不全。房室環完整。二尖瓣葉與三尖瓣葉均直接附著在室間隔上，瓣下沒有室間隔缺損。偶有三尖瓣隔瓣葉的前側部分發育小或缺如。
由于原發孔缺損，冠狀竇常有向下移位，甚至位于左心房內，因而房室結也下移至右心房后壁，位于冠狀竇口和室間隔嵴之間的結三角區內；His束向前向上經室間隔嵴后部與房室瓣環融合處抵達室間隔，于左下瓣跨越部的后方分出左束支，右束支沿嵴延伸至中部時下降至肌部調節束。了解傳導系統的走行，對外科醫師十分重要。