隨著分子生物學和基因組學研究的不斷深入,有關植物不同 ACP 功能分析的研究取得了一定進展。擬南芥 ACP1 是種子中優先表達的 ACP 基因。Branen 等人構建了 35S 啟動子驅動的帶有 ACP1 和其上游 400bp 序列的植物表達載體,轉基因的擬南芥植株在葉組織中該基因的表達增加了 3-8 倍,而在種子中沒有明顯變化。若 ACP1 轉錄起始位點上游 400+-bp 區域或 CaMV 35S 啟動子刪除后,轉基因的擬南芥植株 ACP1 蛋白的表達量不增加。因此,ACP1 的過量表達可能是 CaMV 35S 啟動子的增強子元件與 ACP1 400+-bp 啟動子區域相互作用的結果。在表達增強的同時,葉組織中脂肪酸組成也發生了變化,16:3 的脂肪酸含量明顯減少,而相應的增加了亞油酸(18:3)的含量。但總脂肪酸含量沒有改變。Battey 等人在轉基因的煙草中表達菠菜 ACP1(在菠菜葉組織中占優勢),與內源的煙草 ACPs 比較,ACP1 的表達提高了 2-3 倍,但葉片中總脂肪酸含量和脂肪酸組成都沒有發生變化。這可能是由于不同的 ACP 異構體對于脂肪酸酰基鏈長度具有不同的偏好性。Suh 等在芫荽中鑒定了一個胚乳表達的 ACP,并通過體外實驗證明該 CsACP-1 是△4-acyl-ACP 去飽和酶(催化棕櫚酰基載體蛋白在△4 位脫氫形成特殊脂肪酸巖芹酸 16:1△4)所必需的。在擬南芥中反義抑制葉組織偏好的 ACP4,轉基因 T2 代植株中出現不同程度的白化表型,并且這一表型與 ACP4 蛋白減少以及葉片脂肪酸含量減少共分離,同時白化的植株生長矮小,推測 ACP4 在葉綠體膜脂相關的脂肪酸合成中起重要作用。
近幾年,對 ACP 基因組 DNA 及其上游調控序列的研究取得了一定的進展。如 Suh 指出擬南芥和芫荽質體型的 ACP 異構體基因組大小有差異,但結構是相當保守的,都是由 4 個外顯子和 3 個內含子組成的,并且內含子都遵守 GT-AG 的規則。對芫綏 ACP1 基因組上游序列的研究中發現多個順式調控元件,如 2 ACGTmotifs(TACGTT),2 E-boxes(CAGATG,CATTTG),1 GCN4-like motif (CAAGTCA),4 AACA motifs(AACAAA)和 2(CA)n elements,這些元件都是種子或胚乳特異性表達所必需的。而 GUS 表達進一步實驗表明:Cs-ACP1 上游-117 -+76 區(包含 1個 GCN-like 基序、2 個 AACA 基序和 2 個(CA)n 元件)是該基因在種子中優先表達所必需的,而-242—118 區(包含 2 個 ACGT 基序、2 個 E-boxes 和 2 個 AACA基序)參與了該基因表達量的調控。此外,盡管不同植物或同一植物不同 ACP基因轉錄獲得的 mRNA 5' 非編碼區(5'-UTR)有很大的差異,但都存在保守的七核苷酸基序 “CTCCGCC”及 “CT-rich”區。有研究表明,“CTCCGCC”Box區和“CT-rich”區對控制 ACP 基因組織特異性表達具有重要的激活作用。例如,擬南芥 ACP1 和 ACP2 的 5'-UTRs 分別在種子和根中與該基因的表達相關。對 Enoyl-ACP 還原酶的表達研究也發現這種 5'-UTR 參與基因不同組織差異表達調控的情況,缺失 5'-UTR 中“CT-rich”保守區導致該基因在葉中的表達明顯減少,而在種子和根中的表達不發生變化。