已知有將近2000種不同的酶，其中至少已有 200種已制出結晶物質。
大多數酶都是蛋白質，其分子量范圍約從10000到1000000以上。
通常按照酶所催化的反應來分類和定名。
如氧化還原酶可催化電子傳遞反應，在細胞呼吸和能量產生中起著重要的作用；
轉移酶可催化一種化學基團，從一個底物轉移到另一底物；
水解酶可催化蛋白質、核酸、淀粉、脂肪、磷酸酯及其他物質的水解；
裂合酶可催化底物發生非水解性裂解并生成雙鍵；
異構酶可催化異構物相互轉化等。
