4.泡沫分離
原理：將氣體通入含多種組分的溶液中，由于這些組分的表面活性由差異，因此在溶液的表面，某些組分將形成泡沫，泡沫的穩定性取決于操作條件及溶液的生物學特性。泡沫中含有更多的表面活性成分，故泡沫的組分種類及其含量與溶液中的不相同。這樣，溶液中的組分舅得以分離。
蛋白質較易吸附與氣液界面，這有利于其結構的穩定。泡沫分離過程是：蛋白質從主體溶液中擴散到氣液界面，該過程可能是可逆的也可能是不可逆的；分子發生重排，一般認為在空氣-水界面會形成兩種類型的膜，一種是稀膜，另一種是濃膜，可能會發生由多個分子聚集在一起的現象。在氣液界面形成的蛋白質膜可以是單層的也可以是多層的。膜的類型取決于主體溶液及氣液界面上蛋白質的特性、結構和濃度。
泡沫分離的目的，一方面提高酶蛋白的富集率（泡沫中蛋白質的濃度/最初溶液中蛋白質濃度），另一方面提高酶蛋白的提取率（泡沫中蛋白質的提取率/最初的蛋白質質量），或使多組分混合物中某一組分的分配系數最大。
二、抽提
沉淀
1. 鹽析
常用的鹽析劑是硫酸銨，其溶解度大、價格便宜。硫酸銨沉淀蛋白質的能力很強，其飽和溶液能使大多數的蛋白質沉淀下來。對酶沒有破壞作用。
pH的控制：應從酶的溶解度與穩定性兩個方面考慮，在酶等電點時其溶解度最小易沉淀，但有些酶再等電點時穩定性較差，因此要選擇最佳pH值.一般要求在酶最穩定的pH值的前提下再考慮最適宜酶沉淀的pH值。在操作中一旦確定最佳pH值后，在添加硫酸銨之前甲酸或堿調節好酶液的pH值，要盡量避免溶液pH值的波動以免破壞酶的穩定性。在添加硫酸銨時要注意攪拌，并注意硫酸銨的加入速度，一般是由少到多，緩慢加入，硫酸銨盡可能磨成細粉。
溫度的控制：有些酶在較高溫度下穩定性能較好，可在常溫下進行鹽析操作，而對于大多數酶，盡可能在低溫下操作。
酶液的凈置：加完硫酸銨后，酶液要靜置一段時間，使酶蛋白完全沉淀下來，酶靜置后，就不要再加以攪拌。
2．有機溶劑沉淀
有機溶劑選擇：可用于酶蛋白沉淀的有機溶劑包括醇類物質等，如甲醇、乙醇、異丙醇。乙醇的親水性能較好，可防止蛋白質的變性，酶蛋白在其中的溶解度也較低。
有機溶劑沉淀操作：有機溶劑一般都使蛋白質變性，當溫度較高時變性蛋白質分子就會變成永久失活。因此用有機溶劑處理時最好在0℃以下進行。用有機溶劑沉淀得到的酶蛋白不要放置過久，要盡快加水溶解。
3.聚合物絮凝劑沉淀
聚合物絮凝劑，如葡聚糖和聚乙二醇，與酶分子爭奪水分子，具有脫水作用使酶沉淀。聚乙二醇作為一種沉淀劑的優點是在水溶液中，其濃度可達到
50%，濃度為
6%-12%的蛋白質大都可以沉淀下來。這種試劑不需要低溫操作，而且對蛋白質的穩定還有一定的保護作用。聚乙二醇不會被吸附，故在離子交換吸附前不必去除。
4．用金屬離子和絡合物沉淀
酶和其他蛋白質都會形成金屬鹽，其溶解度較低。用金屬離子沉淀的缺點是酶與金屬離子相互作用后，可逆變化較差，尤其是用巰基衍生物，它結合的]金屬離子會催化酶變性而失活。
5．用特殊試劑沉淀法
用鏈霉素可選擇性去除核酸，從而使胞內酶沉淀出來。鏈霉素鹽（濃度為0.5-1.0mg/mg蛋白質）對于選擇性沉淀核酸的效果比錳離子還要好，酶不易失活。
6．親和沉淀
將親和反應的高度選擇性、低處理量特性與沉淀操作的大處理量、地選擇性有機結合形成了親和沉淀技術。將配基與可溶性載體偶聯后形成載體-配基復合物，該復合物與生物分子結合后在一定條件下可以沉淀出來。
配基-載體復合物可以選擇性地與蛋白質結合，溶液中的pH值、離子強度及蛋白質濃度等條件對親和結合的影響力并不大，只有競爭性的配基會降低產物與原配基的親和結合力，甚至使親和結合發生逆轉。
引導產生沉淀的方法有：離子交聯；加入帶相反電荷的聚合物；加入帶相反電荷的疏水基團；改變pH值，誘導產生疏水沉淀；溫度誘導產生沉淀。
親和結合：將親和配基加入到含有目的物蛋白質的溶液中，調節好有關沉淀的條件，使之有利于親和結合。
洗滌：為經過處理的粗制液中發生親和沉淀可能會發生非特異性結合，尤其是使用帶電的聚合物，離子交換的效應將使其他蛋白質共同沉淀，因此在分離目的物之前要洗滌沉淀物。其做法是：加入適當的清洗劑重新溶解沉淀，再沉淀；或在專一性洗脫之前，徹底清洗沉淀。在上述過程中要始終保持目的蛋白質與配基處于親和結合狀態。
配基-載體復合物與目的蛋白質的分離：分離結束之后，要確保回收目的蛋白質和配基-載體復合物，目的蛋白質要達到一定的純度，回收率要高。