建議你做如下改進：
1.原始質粒上樣2ul,電泳檢測,確定質粒質量沒問題；
2.所有酶切體系均改為10ul,其中質粒2ul,酶0.1ul （雙酶切時另一種酶也加0.1ul ）,buffer終濃度為 1×,剩下為去離子水.酶切時間為4小時左右.
3.電泳用的凝膠最好為新鮮配制的,濃度視質粒大小而定,一般為1%；
電泳的緩沖液最好也是新鮮配制的,電泳電壓適當.
1KB的條帶拖尾嚴重,可能是凝膠不新鮮,或者是電泳時電壓過高,或者是酶切時間過長.上述建議中已經給出解決方法.
至于你說的奇怪現象,可能質粒已經降解,也可能是酶切過久導致降解,也可能是槍頭或者離心管等器材污染,總之保證一切是新鮮的,再做一次.