在七十年代以后，伴隨著第二代酶——固定化酶及其相關技術的產生，酶工程才算真正登上了歷史舞臺。固定化酶正日益成為工業生產的主力軍，在化工醫藥、輕工食品、環境保護等領域發揮著巨大的作用。不僅如此，還產生了威力更大的第三代酶，它是包括輔助因子再生系統在內的固定化多酶系統，它正在成為酶工程應用的主角。
酶在生物體內的含量是有限的，不管是哪種酶，在細胞中的濃度都不會是很高的，這也是出于生物機體生命活動平衡調節的需要。可是這樣一來，就限制了直接利用天然酶更有效地解決很多化學反應的可能性。
利用基因工程的方法可以解決這一難題。