軟件功能是指酶標儀所具有的對ELISA定性和定量測定及其他測定方式如酶標動力學、紫外和凝集等數據的統計分析并報告結果的功能。軟件功能是中高檔酶標儀的一個非常重要的功能。如果硬件方面區別不大，則軟件就成為判定酶標儀優劣的惟一指標。對于用戶來說，好的軟件功能，對實際工作會有較大的幫助。ELISA定性測定，酶標儀如具有陽性判斷值(cut-off)及其測定“灰區”(即指測定吸光度處于cut—off周圍的一定區域，此區域內結果應為“可疑”)的統計計算功能，不但方便了實驗室工作人員，而且在某些特定的情況下，有很高的實用價值。因此，如目的是定量測定，則在酶標儀的軟件功能中，最好要有這種曲線回歸方程計算分析功能。其他諸如連點、直線等回歸計算，則可根據酶標儀的應用目的而定，如兼用于微量生化測定，則此類回歸計算就很有必要。 此外，酶標儀兼做酶標動力學、凝集反應測定所需的軟件是否應具備，當然也應根據使用目的而定。由于此類軟件一般都較為昂貴，酶標儀常另外單獨按需配備，如果不是實驗室特殊需要，就不必強求這種軟件功能。