酶標分析儀本質為一臺變相光電比色計或分光光度計，基本工作原理與主要結構和光電比色計基本相同。光源燈發出的光波經過濾光片或單色器變成一束單色光，進入塑料微孔板中的待測標本。該單色光一部分被標本吸收，另一部分則透過標本照射到光電檢測器上，光電檢測器將這些光信號轉換成相應的電信號，電信號經前置放大、對數放大、模數轉換等信號處理后送入微處理器進行數據處理和計算，最后由顯示器和打印機顯示結果。微處理機還通過控制電路控制機械驅動機構X方向和Y方向的運動來移動微孔板，從而實現自動進樣檢測過程。有些酶標分析儀采用手工移動微孔板進行檢測，省去了X，Y方向的機械驅動機構和控制電路，從而使儀器更小巧，結構也更簡單