燃料的類型僅限于不會對酶產生不利影響的燃料。
酶由于各種原因容易降解
除非特定溫度等條件和操作條件受到限制，否則它不起作用
酶燃料電池使用為電極修飾的酶使燃料離子化，但是該酶由于各種因素而劣化。當酶降解時，產生的功率降低。
