由于果膠分子與鈣鎂及鐵離子結合、纖維素和半纖維素等細胞壁多糖與果膠分子形成共價鍵、果膠分子中的羥基與細胞壁的組分形成離子鍵、果膠分子彼此間與其他成分間的物理纏繞等等，而使果膠以原果膠的形式存在，用酶適當處理后，由于細胞壁降解，可提高果膠得率、簡化工藝。
酶法提取果膠基本分兩個階段，如果用酸法提取少量果膠后，再用酶法提取剩余的果膠將會大大縮短反應時間，減少加酶量。因此，充分發揮酶法和酸法各自的優點，既可縮短反應時間，又能獲得較高分子式量的果膠。另外，隨著酶制劑工業的發展，酶制劑成本的降低，酶法提取果膠將是非常有發展前途的新方法。
優點：酶法提取果膠的相對分子質量（5.6×104）和提取率（91.02%）都較酸法（相對分子質量4.3×104、提取率42.0%）高得多，這為甜菜果膠產業化和進一步改性提高果膠品質提供了必要條件。
缺點：通過實驗發現，酶法提取果膠36h以后，反應體系容易染霉菌，在生產實踐中應注意防止染菌。酶法提取甜菜果膠反應時間長（90h），酶制劑用量大（15U/g）（酶活力單位），由于酶制劑用量的增加將顯著增加生產成本，這可能是酶法提取甜菜果膠至今沒能得到發展的原因。