多肽的酸堿性定義來源于氨基酸的酸堿性。對我們常見的二十種氨基酸來說，大致按照R基團的極性（polarity）或在生理pH（接近pH7.0）下與水相互作用的趨勢等可將它們分為非極性、極性不帶電、帶正電（堿性）、帶負電（酸性）R基團的氨基酸。
比如堿性氨基酸是指能水解的氨基個數多于能水解的羧基個數(溶液呈堿性)的氨基酸，如精氨酸、賴氨酸、組氨酸；相反，則為酸性氨基酸。如天冬氨酸、谷氨酸等；其余的氨基酸為中性（不帶電）氨基酸。
常見的多肽是由3～100個氨基酸通過肽鍵鏈接形成的化合物，其酸堿性一般由其含酸堿性氨基酸的多寡決定。某些多肽含堿性氨基酸較多,其水溶液等電點偏于堿性,被稱為堿性多肽，例如胃泌素；某些多肽含酸性氨基酸較多，其水溶液等電點偏于酸性，被稱為酸性多肽,例如胰島素和水蛭素等。
值得注意的是，多肽的酸堿性并不是由其所含酸性氨基酸或堿性氨基酸的個數多寡決定，而是根據其水溶液的等電點酸堿偏向決定。
蛋白質的酸堿性劃定與多肽類似。