重疊延伸PCR技術(gene splicing by overlap extension PCR,簡稱SOE PCR)由于采用具有互補末端的引物,使PCR產物形成了重疊鏈,從而在隨后的擴增反應中通過重疊鏈的延伸,將不同來源的擴增片段重疊拼接起來.此技術利用PCR技術能夠在體外進行有效的基因重組,而且不需要內切酶消化和連接酶處理,可利用這一技術很快獲得其它依靠限制性內切酶消化的方法難以得到的產物.重疊延伸PCR技術成功的關鍵是重疊互補引物的設計.重疊延伸PCR在基因的定點突變、融合基因的構建、長片段基因的合成、基因敲除以及目的基因的擴增等方面有其廣泛而獨特的應用。
以下是重疊延伸PCR的原理及兩基因的引物設計：
A基因：
上游（F1）與開放閱讀框起始密碼子附近的序列相對應，并在5 ’末端添加酶切位點和3個保護堿基；下游（R1）與B基因終止密碼子附近的序列及A基因5’末端起始密碼子附近的序列互補，并去除A基因的終止密碼子TAA
B基因：
上游（F2）與A基因終止密碼子附近的序列及B基因5 ’端起始密碼子附近的序列相對應，同樣去除A基因終止密碼子TAA；下游（R2）與B基因的開放閱讀框終止密碼子序列互補，并在5’末端添加酶切位點和2個保護堿基。
先分別用F1、R1，F2、R2擴增出A和B基因，然后再用F1和R2將兩基因連接起來，得到融合基因。