顯微鏡是精密的光學儀器，各零部件不要隨便拆卸，以免影響操作效能與精度，或者損壞。顯微鏡如有故障應該由專業的維修機構或者聯系售后服務部門進行檢測維修。
在日常使用中，及時維護顯微鏡各部件，是保證設備準確運行的關鍵。
每次使用完畢后，要先清潔、擦拭顯微鏡表面及載物臺，再清洗各光學部位（視場透鏡、聚光鏡、物鏡、目鏡）。
1.在擦拭各光學表面之前，先清洗整臺顯微鏡，再用吹氣球除去表面的塵粒，避免擦拭時刮傷光學表面。
2.根據不同大小的光學表面，決定用手或木棒擦拭。
3.擦拭鏡頭和濾光片，要先從中央部位擦起，逆時針方向旋轉，逐步向邊緣擦拭。
顯微鏡在不用時，要用有機玻璃或者聚乙烯罩子罩上，放置在干燥而且沒有霉菌滋生的地方，物鏡與目鏡最好放在有干燥劑的密閉容器當中。