潛伏期2～20天。因受染者免疫水平的差別以及受染菌株的不同，可直接影響其臨床表現。
1.早期（鉤體血癥期）
多在起病后3天內，本期突出的表現是：發熱、頭痛、全身乏力、眼結膜充血、腓腸肌壓痛、全身表淺淋巴結腫大。本期還可同時出現消化系統癥狀如惡心、嘔吐、納呆、腹瀉；呼吸系統癥狀如咽痛、咳嗽、咽部充血、扁桃體腫大。部分患者可有肝、脾腫大，出血傾向。極少數患者有中毒精神癥狀。
2.中期（器官損傷期）
在起病后3～14日，此期患者經過了早期的感染中毒敗血癥之后，出現器官損傷表現，如咯血、肺彌漫性出血、黃疸、皮膚黏膜廣泛出血、蛋白尿、血尿、管型尿和腎功能不全、腦膜腦炎等。
此期的臨床表現是劃分以下各型的主要依據，分為：流感傷寒型、肺出血型、黃疸出血型、腎功能衰竭型、腦膜腦炎型。
3.恢復期或后發癥期
患者熱退后各種癥狀逐漸消退，但也有少數患者退熱后經幾日到3個月左右再次發熱，出現癥狀，稱后發癥。表現為后發熱、眼后發癥、神經系統后發癥、脛前熱等癥狀。