微生物細胞的大小是微生物重要的形態特征之一，由于菌體很小，只能在顯微鏡下來測量。用于測量微生物細胞大小的工具有目鏡測微尺和鏡臺測微尺。
目鏡測微尺是一塊圓形玻片，在玻片中央把5mm長度刻成50等分，或把10 mm長度刻成100等分。測量時，將其放在接目鏡中的隔板上(此處正好與物鏡放大的中間像重疊)來測量經顯微鏡放大后的細胞物象。由于不同目鏡、物鏡組合的放大倍數不相同，目鏡測微尺每格實際表示的長度也不一樣，因此目鏡測微尺測量微生物大小時須先用置于鏡臺上的鏡臺測微尺校正，以求出在一定放大倍數下，目鏡測微尺每小格所代表的相對長度。
鏡臺測微尺是中央部分刻有精確等分線的載玻片，一般將lmm等分為100格，每格長l0μm（即0.0lmm），是專門用來校正目鏡測微尺的;更為精確的是把0.1mm等分50格，每格0.002mm。校正時，將鏡臺測微尺放在載物臺上，
由于鏡臺測微尺與細胞標本是處于同一位置，都要經過物鏡和目鏡的兩次放大成象進入視野，即鏡臺測微尺隨著顯微鏡總放大倍數的放大而放大，因此從鏡臺測微尺上得到的讀數就是細胞的真實大小，所以用鏡臺測微尺的已知長度在一定放大倍數下校正目鏡測微尺，即可求出目鏡測微尺每格所代表的長度，然后移去鏡臺測微尺，換上待測標本片，用校正好的目鏡測微尺在同樣放大倍數下測量微生物大小。