（一）肝前型門脈高壓的鑒別診斷
1、先天畸形：如門脈主干的閉鎖、狹窄或海綿竇樣病變。
2、腹腔感染或創傷所致門脈主干的血栓形成。
3、外源性壓迫：如肝細胞癌及其他惡性腫瘤。
（二）肝內型門脈高壓的鑒別診斷
1、血吸蟲病性肝硬化
有血吸蟲疫水接觸史，出現巨脾、腹水等門脈高壓癥的臨床表現，結合病原學檢查及影像學檢查，肝組織活檢可確診，本病需與巨脾、腹水、其他原因所致肝硬化相鑒別。
1、肝炎后肝硬化
多有肝炎病史或輸血液制品史，病毒標記物和肝組織活檢可診斷。本病需與腹水、其他原因所致肝硬化、上消化道大出血等病相鑒別。
2、酒精性肝硬化
一般有10年以上的酗酒史，可出現酒糟鼻、面部毛細血管擴張，超聲和CT提示有明顯的脂肪肝，預后比肝炎后肝硬化要好，本病需與其他原因所致脂肪肝、肝炎后肝硬化、肝性腦病、酒精性譫妄等相鑒別。
（三）肝后型門脈高壓的鑒別診斷
1、Budd-Chiari綜合征多見于20～40歲中輕年，以上腹痛、腹水為主要臨床表現，進展慢，經CT、彩超、肝靜脈和下腔靜脈造影等可確診。本病需與肝內小靜脈栓塞病、門靜脈血栓形成等相鑒別。
2、心源性肝硬化
有心臟病史，心功能不全持續6個月以上或反復出現心功能不全，充血性心力衰竭改善后，肝功能可迅速改善，肝組織活檢有助于確診，本病需與血色病、肝豆狀核變性、Budd-Chiari綜合征、肝炎后肝硬化等相鑒別。