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  • 發布時間:2019-09-12 10:25 原文鏈接: 隨機序列庫的純化實驗

               

    實驗方法原理
    實驗材料

    DNA 庫

    試劑、試劑盒

    氫氧化銨 正丁醇 TE 緩沖液 尿素上樣緩沖液 NaCl 乙醇

    儀器、耗材

    熒光薄層層析板(VWR) 紫外燈 剃刀刀片 小孔注射器 能耐受極端溫度的 13 ml 離心管(Sarstedt) 90℃水浴 旋轉混合器

    實驗步驟

    實驗所需「材料」、「試劑」、「耗材」具體見「其他」


    1. 寡核苷酸合成完畢后,去保護,從固相支持物上切下,然后將溶液凍干(在濃縮的氫氧化銨中),或者用 10 倍體積的正丁醇于 -70℃ 放置>1h 將寡核苷酸沉淀出來。


    2. 制備一塊變性的聚丙烯酰胺膠。


    3. 用 100~200 ul 的水或緩沖液(如 TE 緩沖液,pH 8.0) 重新溶解凍干的或沉淀出的寡核苷酸,加入等體積的 2×上樣染料。上樣前將樣品加熱到 75℃ 熱變性 5 min。 每一 2 cm×2 cm×1.6 mm 的孔中加入約 20% 的 1 umol 合成的寡核苷酸進行電泳分離。


    4. 將膠放到塑料膜包裹的熒光薄層層析板上,在紫外燈的照射下用刀片切下寡核苷酸產物(通常為最暗的陰影條帶)。


    5. 按如下步驟將寡核苷酸從膠條中洗脫出來:


    5.1 為了幫助寡核苷酸從丙烯酰胺基質中擴散出來,用力讓膠條擠過小孔注射器以使之變為粉碎的顆粒。


    5.2 將碎膠放入一個能耐受極端溫度的 13 ml 的離心管中。


    5.3 每 0.5 ml 的膠條(一般相當于 1~2 個加樣孔的量)加入 3 ml 的 TE 緩沖液,pH 8.0,將樣品于 -80℃ 放置 30 min 或直到樣品凍成固體。


    5.4 將離心管放于熱水浴中迅速解凍樣品,然后于 90℃ 浸泡 5 min。將樣品放于旋轉混合器上于室溫洗脫 DNA 過夜。


    6. 用 5mol/L NaCl 儲液將寡核苷酸洗脫液的鹽濃度調整到 0.3 mol/L, 然后加入 3 倍體積的乙醇以沉淀寡核苷酸庫。于 -20℃ 放置 3 h,然后于 4℃ 以最高轉速離心。凍干。用 TE 緩沖液(pH 8.0,防止核酸酶污染或 pH 的劇變)重溶合成的庫。


    圖 1 庫的設計、合成和大規模擴增的流程圖

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    注意事項
    其他

    1. 材料

    DNA 庫


    2. 試劑

    氫氧化銨

    正丁醇

    TE 緩沖液,pH 8.0

    尿素上樣緩沖液,2×

    5 mol/L NaCl

    乙醇


    3. 耗材

    熒光薄層層析板(VWR),塑料膜包裹

    紫外燈

    剃刀刀片

    小孔注射器

    能耐受極端溫度的 13 ml 離心管(Sarstedt)

    90℃ 水浴

    旋轉混合器

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