1.生理性蛋白尿
生理性蛋白尿包括功能性蛋白尿（機體劇烈運動、發熱、低溫刺激、交感神經興奮等狀態時出現）、體位性蛋白尿（也稱為直立性蛋白尿，是指由于直立體位，使腰椎棘突前突時出現，臥床后消失，部分人是由于胡桃夾現象出現），無癥狀性蛋白尿應與他們相互鑒別，臨床鑒別困難時常需要腎活檢。有時臨床診斷的生理性蛋白尿在腎活檢病理檢查后發現為隱匿性腎小球腎炎。
2.遺傳性腎小球疾病
主要是指良性家族性血尿及早期遺傳性進行性腎炎（又稱為Alport綜合征），以血尿為主要臨床表現的隱匿性腎炎需要與之鑒別，家族史及病理檢查在鑒別上具有重要的意義。
3.慢性腎炎
存在水腫、高血壓及腎功能損害是鑒別隱匿性腎炎與慢性腎炎的關鍵，如果存在腎性水腫、腎性高血壓的一種，或存在非腎前性、腎后性因素導致的腎功能異常，均應診斷為慢性腎小球腎炎。
4.亞臨床型急性腎炎
主要需要與臨床表現輕微的急性腎炎像話鑒別。需要檢查疾病的潛伏期及血清補體水平，必要時行腎活檢檢查。