本病40%-50％由沙眼衣原體(chlamydiatrachomatis）引起，20%-30％由解脈支原體(ureaplasma urealyticum)引起，尚有10％一20％由陰道毛滴蟲(trichomonas vaginalis),白色念珠菌(candida albicans)、單純疤疹病毒(herpes simplex virus)、生殖支原體(my-coplasma genitalium)、腺病毒(adenovirus )和類桿菌等微生物引起。
衣原體
衣原體是介于細菌和病毒之間的微生物。它寄生于人體細胞內，含脫氧核糖核酸和核糖核酸。在其生活周期中，有原體和始體兩種形態。原體體積較小（直徑為200 ~ 300nm），細胞質致密，具有高度傳染性。它進入敏感細胞后，體積變大（直徑可達800^1 200nm），成為始體，細胞漿變得疏松或呈網狀，因而始體又稱為網狀體，沒有傳染性但具有新陳代謝活性，在宿主細胞內行二分裂繁殖。衣原體有15個血清型，其中A,B,Ba和C型引起沙眼,D,E,F,G,H,I,J及K型引起尿道炎、附肇炎、前列腺炎、直腸炎、宮頸炎、輸卵管炎、盆腔炎、肝周炎和Re-iter病，L1,L2和L3型引起性病性淋巴肉芽腫。衣原體對熱敏感，56一60℃僅能存活5 ^ -l0min，但能耐低溫，在冷凍條件下存活數年。中科院微生所測試含PHMB殺菌成分的嬌妍潔陰洗液可將其迅速殺死，證明衣原體對PHMB等殺菌制劑耐受力弱。 根據許多國家報告，NGU中30%-50%，淋病病人中20%和性活動強但無尿道炎癥狀的人中0.5%，以目前常用的培養方法，尿道分泌物可培養出衣原體。
女性病人因多數無癥狀或僅表現為白帶增多等婦科癥狀，難以確定其發病率，有人估計女性病人可能為男性的4倍。衣原體是一種寄附于腺上皮細胞胞漿內的微生物。呈球型，有特殊的生長周期。每個生長周期有兩種發育型。 感染型為原體(elementary body)呈球形，大小介于細菌與病毒之間(300-400mm)。原體可在細胞外生存，有感染性 。當其附著在易感細胞表面時，被細胞吞飲，在細胞內原體變成另一種繁殖型。繁殖型即始體(initial body)始體呈圓形或橢圓形。始體按二分裂方式繁殖，最后始體重新組織成原體，從細胞內釋放出來，再感染其他健康易感細胞。整個生長周期為72h。衣原體分類：1、鸚鵡熱衣原體。2、沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis) 沙眼衣原體至少有15個血清型。D-K8種血清型與NGU有關。L1、L2、L33個型與性病性淋巴肉芽腫(第四性病)有關。
支原體
支原體屬于柔膜體類原核微生物，它能在人工培養基上生長。由于它沒有細胞壁，因而形態上呈多樣性，常見的有圓形、橢圓形，球桿形和不規則形。它能通過細胞濾器。支原體在固體或半固體培養基上培養形成“油煎蛋樣”特殊形態的集落，這對支原體的鑒定具有重要參考價值。引起NGU的支原體主要是解脈支原體，是一種特殊型的支原體。集落較小，在生長密處僅l0nmo它常寄生于尿道上皮內，能將尿素分解成氨。 支原體對外環境的抵抗力都較弱，加熱450C 15-30min或550C 5~15min即可將其殺死，實驗室的常用消毒劑如福爾馬林、石炭酸、煤酚皂溶液等極易將其滅活。
中科院微生所測試含PHMB殺菌成分的嬌妍潔陰洗液可將其迅速殺死，證明支原體和衣原體一樣，對PHMB等殺菌制劑耐受力弱。對影響壁合成的抗生素如青霉素不敏感，但紅霉素、四環素、鏈霉素及氯霉素等作用于支原體核蛋白體的抗生素，可抑制或影響蛋白質合成，有殺滅支原體的作用。 1．分解尿素支原體(ureaplasma ure-alyticum)是一種原核微生物。能產生尿素分解酶分解尿素。呈球桿狀。因其缺乏堅硬的細胞膜，故不為青霉素所抑制，四環素、紅霉素、壯觀霉素對之有效。現已從人類泌尿生殖道分離出來7種支原體，其中分離率較高而與泌尿生殖道疾病有關，是分解尿素支原體，其次是人型支原體。嬰兒或無性交接觸的女性生殖道內找不到分解尿素支原體。而性生活越亂，這種支原體陽性率也越高。
Mc Donald 1982年報告587例急性尿道炎癥狀病人中，209例(36%)中段尿中分離出分解尿素支原體。 2．人型支原體(mycoplasma hominis)支原體對外界環境抵抗力弱，45℃15min即可被殺死。衣原體除致成尿道炎、眼結膜炎外，還可致成其他生殖器官炎癥，如附睪炎、前列腺炎、宮頸炎、陰道炎、輸卵管炎及盆腔炎等。新生兒通過感染的產道可誘發眼結膜炎、肺炎。男性同性戀者，可患直腸炎及咽炎。