高效液相色譜法
HPLC法在順反異構體藥物的分離分析中應用廣泛，其可與多種檢測器聯用，在分離分析高沸點、大分子、熱穩定性差的化合物方面具有極大優勢，而其對順反異構體的分離選擇性和檢測精確度主要取決于選用合適的色譜柱和檢測器。
毛細管電泳法
CE法對帶電荷物質的分離效果顯著，但有時為改善峰形或提高分離度，需在測試樣品中添加合適的添加劑，如十二烷基磺酸鈉(SDS)、β-環糊精等，或采用非水CE法。胡琴等（中國藥學雜志，2001年）采用未涂層石英毛細管柱，以含0.5%羥丙基β-環糊精的50mmol·L－1磷酸二氫鈉溶液（pH2.5）為運行緩沖液，于297nm波長下，分離檢測鹽酸多塞平的Z/E-異構體，其檢測結果與HPLC法所得結果相近。隨后，該研究小組又建立了非水CE法分離鹽酸多塞平異構體，緩沖液為加入3.0%冰醋酸200mmol·L－1醋酸銨的甲醇－乙腈(95∶5)溶液，無需使用任何在毛細管區帶電泳分離異構體時常用的添加劑即可在12min內完成分析，分析速度更快。
氣相色譜法
GC法分離效率高，樣品用量少，選擇性好，可分離分析順反異構體、旋光異構體等，常用于在實驗溫度下可氣化且性質穩定的物質的分析，對于那些熱不穩定或難以氣化的物質，可通過化學衍生化方法使其達到GC分析的要求。多塞平的Z-和E-異構體具有不同的沸點，可選擇GC法對二者進行分離，但因填充柱對多塞平存在吸附作用，使得色譜峰峰形較差，故研究者常選擇使用毛細管色譜柱采用程序升溫法，將HP-1毛細管柱溫自起始溫度90℃以30℃/min－1的速度升至200℃，然后以10℃/min－1的速度升至280℃，使馬子宮和血漿中的多塞平及其代謝物的異構體在短短六分鐘內得到分離。
紫外分光光度法
紫外分光光度法作為一種傳統的分析測試方法，具有操作簡便、分析快速等優點，且測樣費用也較液相色譜法低 。但該法用于多組分尤其是同分異構體的同時測定時，由于各組分光譜的相互重疊 ，給各組分的定量分析帶來了一定的困難，因而限制了它在多組分同時測定分析中的應用。將化學計量學的多元校正技術如偏最小二乘法 (PLS)用于光度法分析領域，可不經分離進行多組分的同時測定，為具有光度響應的多組分同時測定提供了一種有效的分析方法。