改善衛生條件和普及衛生知識對沙眼的預防非常重要，應注意個人衛生，不公用毛巾及面盆等洗浴用具。家庭成員集體同時治療。孕婦沙眼衣原體感染的篩查及徹底治療可以大大減少新生兒感染機會。泌尿生殖系統感染及性病淋巴肉芽腫的預防同性病預防。對高危人群可預防性用藥。對于鸚鵡熱的預防應注意：加強進口動物的海關檢疫，嚴禁偷運病鳥及帶菌鳥入境。開展衛生宣傳，尤其是因職業關系經常與禽類接觸者應注意防止職業感染。出現疫情時，要盡早查明疫源，處死及銷毀病鳥，禁止銷售感染了衣原體的鸚鵡及其他玩賞鳥。患者應住院隔離治療，并注意對其他有病鳥接觸史人員的醫學觀察。孕婦應避免與病鳥接觸以免感染而造成流產綜合征。衣原體對常規消毒藥劑敏感。