任何年齡均可患病，潛伏期為2～21天，平均6天；前驅期可有發熱、全身不適、頭痛、肌痛、嗜睡、腹痛和腹瀉等癥狀。多急性起病，常見癥狀包括發熱、頭痛、嘔吐、頸強直、抽搐、失語、偏癱、共濟失調、不自運動、精神障礙、意識障礙和腦膜刺激癥等。腦炎患者腦實質損害的表現突出，容易出現抽搐、失語、偏癱，精神及智能障礙；有些慢病毒感染性腦炎以精神異常為主，表現為注意力渙散、行為奇特、反應遲鈍、言語減少、情感淡漠，漸出現緘默、木疆狀態、生活不能自理、臥床等。腦膜炎患者的頭痛、嘔吐、頸強直和腦膜刺激征比較突出，局灶性腦損害的表現常出現在后期。重癥患者可因廣泛腦實質壞死和腦水腫引起顱內壓增高，甚至腦疝形成而死亡。病程一般為數日至1～2個月。