隨著基質輔助激光解吸離子化技術的出現和計算機的發展，飛行時間質譜儀在20 世紀90 年代得到快速發展。目前，最好的飛行時間質譜分析儀分辨率能夠達到20,000Da，測得分子的質量數準確度非常高。飛行時間質譜儀在很大程度上取代了高分辨雙聚焦磁扇分析儀，但其不能有效地利用選擇離子監測模式進行分析。在高分辨質譜的選擇離子監測 模式分析中仍然主要使用 雙聚焦質譜儀。為了使用分辨率高的質譜分析化合物的二級 質譜圖，人們嘗試將飛行時間質譜與其它質譜串聯使用，目前使用比較多的是四極桿-飛行時間 串聯質譜儀，可以幫助我們更準確地了解化合物裂解后離子碎片的質量數。