食品微生物的取樣計劃中常包括以下取樣點：原料、生產線（半成品、環境）、成品、庫存樣品、零售商店、或批發市場、進口或出口口岸。
原料的取樣包括食品生產所用的原始材料、添加劑、輔助材料及生產用水等。
生產線樣品是指食品生產過程中不同加工環節所取的樣品，包括半成品、加工臺面、與被加工食品接觸的儀器面以及操作器具等。對生產線樣品的采集能夠確定細菌污染的來源，可用于食品加工企業對產品加工過程衛生狀況的了解和控制，同時能夠用于特定產品生產環節關鍵控制點的確定和HACCP的驗證工作。另外還可以配合生產加工，在生產前后或生產過程中對環境樣品（如地面、墻壁、天花板以及空氣等）取樣進行檢驗，以檢測加工環境的衛生狀況。
庫存樣品的取樣檢驗可以測定產品在保質期內微生物的變化情況，同時也可以間接對產品的保質期是否合理進行驗證。
零售商店或批發市場的樣品的檢測結果，能夠反映產品在流通過程中微生物的變化情況，能夠對改進產品的加工工藝起到反饋作用。
進口或出口樣品通常是按照進出口商所簽訂的合同進行取樣和檢測的。但要特別注意的事，進出口食品的微生物指標除滿足進出口合同或信用證條款的要求外，還必須符合進口國的相關法律規定，如世界上很多國家禁止含有致病菌的食品進口。