1.無菌間通向外面的窗戶應為雙層玻璃，并要密封，不得隨意打開并設有與無菌間大小相應的緩沖間及推拉門，另設有0.5~0.7m2的小窗，以備進入無菌間后傳遞物品。
2.無菌間內應保持清潔，工作后用2%~3%煤酚皂溶液消毒，擦拭工作臺面，不得存放與實驗無關的物品。
3.無菌間使用前后應將門關緊，打開紫外燈，如采用室內懸吊紫外燈消毒時，需30W紫外燈，距離在1.0m處，照射時間不少于30min，使用紫外燈，應注意不得直接在紫外線下操作，以免引起損傷，燈管每隔兩周需用酒精棉球輕輕擦拭，除去上面灰塵和油垢，以減少紫外線穿透的影響。
4.處理和接種食品標本時，進入無菌間操作，不得隨意出入，如需要傳遞物品，可通過小窗傳遞。
5.在無菌間內如需要安裝空調時，則應有過濾裝置。