食品加工可以利用水分活度、pH、化學物質及包裝來控制病原體生長。而對食品加工來講，通過控制病原體所需的營養成分，則難以達到目的，因為除特別情形之外，大多數食品為病原體生長產提供了充足的營養。我們還是集中精力通過水分活度、pH、化學物質及包裝控制病原體生長。
通過分別控制食品中水分活度和pH值，或加入化學添加劑如鹽類物質，或通過特定的包裝技術調節氣體來控制病原體的生長。但是，加工者一般將這些控制技術結合使用，而不是只依賴于一種。因為單一控制系統如完全達到目的，可能是苛刻的，而且使產品不為消費者接受。
1、控制pH
每種微生物生長都有最低、最佳、最高pH值，酵母菌和霉菌可在低pH下生長，當pH值為 4.6或以下時可抑制致病菌生長和產生毒素的，這是我們關心的主要問題。但有些病原體，特別是艾希氏大腸桿菌0157:H7，雖然在酸性條件下生長被抑制，仍可存活較長時間。pH 是一種抑制病菌生長的方法，而不能破壞現存的致病菌。但是，在低pH值保持時間較長時，很多微生物將被破壞。
2、控制水分活度
如同pH，每種微生物體有其生長的最低、最佳、最高水分活度。酵母菌和霉菌可在低水分下生長，但是0.85是病原體生長的安全界限。0.85是根據金黃色葡萄球菌產生毒素的最低水分活度得來的。
0.85以上水分活度食品需要冷藏或其它措施來控制病原體生長。水分活度0.60至0.85的食品為中等水分食品，這些食品不需要冷藏控制病原體，但由于主要酵母菌和霉菌引起的腐敗，要有一個限定貨架期。對大部分水分活度在0.6以下食品，有較長的貨架期，也不需冷藏，這些食品稱為低水分食品。
大部分生肉、水果和蔬菜屬于水份較高的食品(水分活度高于0.85 )。值得注意的是面包，多數人認為它是干燥，貨架穩定的產品。實際上，它有相當高的水分活度，它只是因pH、水分活度的多重屏障，而使之安全，并且霉菌比病原體更容易生長，換言之，它變危險之前就長霉變綠了。
有些獨特風味的產品如醬油外表像是高水分產品，但因鹽、糖或其它成分結合了水分，它們的水分活度很低，其水分活度在0.80左右。因果醬和果凍的水分活度可滿足酵母菌和霉菌生長，它們需在將包裝前輕微加熱將酵母菌霉菌殺滅以防止腐敗。
干燥是食品防腐最古老的方法之一。除防腐之外，干燥產生了食品的自身特性，如同發酵。世界上很多地方還在用開放式空氣干燥，一般而言有四種基本干燥方法。
熱空氣干燥----用于固體食品如蔬菜、水果和魚
噴霧干燥----用于流體和半流體如牛奶
真空干燥----用于流體如果汁
冷凍干燥----用于多種產品
另一種降低食品水分活度的方法是加鹽或糖。這種類型食品的例子有----醬油、果醬和腌魚，這不需要非常特殊的設備。對流體或半流體產品，如醬油或果醬，用配方加工控制。對固體食品如魚或熏火腿，可用鹽干燥，即放入鹽溶液或浸入鹽水中。
控制水分活度分兩步。第一，科學地設定可保證水分活度為0.85或更低的干燥、鹽漬或加工配方，然后嚴格地執行。第二，可取制成品樣品測試其水分活度。
3、化學抑制劑
有時所選定的食品控制方法不能防止所有的微生物生長。這種情況下，可添加化學物質以進一步確保產品的安全。化學防腐劑包括苯甲酸鹽、山梨酸、亞硫酸鹽、亞硝酸鹽和抗生素。
苯甲酸鹽，包括苯甲酸、苯甲酸鈉或鉀和對羥苯甲酸。它們主要用于抑制酵母菌和霉菌。
山梨酸鹽，包括山梨酸、山梨酸鈉和鉀。山梨酸鹽用于抑制霉菌。
丙酸用于抑制面包、蛋糕和奶酪中霉菌。
亞硫酸鹽，包括二氧化硫用于多種產品如檸檬汁、水產品、蔬菜、糖蜜、葡萄酒、果脯和果。亞硫酸鹽主要作為抗氧化劑，但也有抗微生物特性。
亞硝酸鹽，用于熏肉和熏魚，通常與鹽和糖混合使用。亞硝酸鹽抑制肉毒梭菌的生長。
鹽也用于阻止病原體生長，特別是肉毒梭菌。
使用的化學防腐劑，必須符合GB 2760最新版本的要求，并在食品的標簽上應注明使用成分。
4、控制包裝
包裝不同于其它控制方法，雖然包裝有時用于控制微生物生長，但對腐敗生物體的控制是有限的，不能作為可控制致病菌生長的單一方法。但通過改變包裝有助于產品安全性，所以在這里加以討論。
從食品安全角度看，包裝有兩個功能，可防止食品污染，也可增加食品控制的有效性。
包裝類型：很多產品是真空包裝。真空包裝是在將封口前用機械抽出包裝中空氣。產品放在低透氧性袋中，再放在真空機內用機械抽出袋中空氣然后進行熱封口。薄膜緊貼在產品上。袋中不殘留空氣或氣體。或是充氣包裝，產品可包裝于充氣包裝中。充氣包裝包括一次充氣和封口處理。所充的氣體有三種，可單獨或混合使用，包括氮氣、二氧化碳和氧氣。這些氣體都有各自不同功能。
氮氣取代氧氣，因而減弱了需氧腐敗生物的生長。
二氧化碳能使很多微生物致死，破壞腐敗生物以延長貨架期。
氧氣是需氧腐敗生物體生命線。但含有一定氧氣可增加抑制肉毒梭菌的安全性。通常為濃度約2至4%的氧。然而，包裝中存在的氧可使腐敗微生物生長，并消耗氧氣以至降低至2 %安全濃度之下，這樣產品的保質期受到限制。
通過冷藏和冷凍控制
本部分主要論述了運用溫度控制微生物生長的方法。溫度為5到46℃是致病菌生長的危險范圍。當食品處于溫度危險范圍時，為使致病菌盡可能不生長，限制食品在這個溫度范圍存放的時間是非常關鍵的。