一、實驗室檢查：血清學試驗：用放免分析及酶聯免疫吸附試驗測定血清中甘露聚糖抗原可得40%～50%的敏感性。在非侵入念珠菌感染中則見不到甘露聚糖抗原。
二、其他輔助檢查：
1.X 線檢查 食管運動功能減低，食物潴留，節段性狹窄、痙攣性潰瘍，但嚴重感染時，X 線所見亦可顯示正常。
2.內鏡檢查 是最敏感和特異的診斷方法。內鏡下特征性的表現為食管黏膜附著豆渣樣白苔，去苔后食管黏膜有充血性紅斑，脆性增加，有糜爛、淺潰瘍等改變。因炎癥的程度不同，病變的范圍和嚴重程度不同。輕者僅表現為食管散在點狀白苔，苔下黏膜輕微發紅，多見于食管的上中段。重者白苔呈大片狀甚至融合成全周，苔厚，去苔后黏膜呈糜爛、潰瘍，多伴有出血，多見于食管的中下段。
Kodsi 等(1976)對內鏡下念珠菌性食管炎表現分為4 級。
1 級：少數隆起白斑，直徑＜2mm，伴有充血，無糜爛、潰瘍。
2 級：多個隆起白斑，直徑＞2mm，伴有充血，無糜爛、潰瘍。
3 級：白苔融合成線狀或出現結節狀隆起斑塊，伴有糜爛、潰瘍。
4 級：3 級表現加上黏膜脆，伴有管腔狹窄。