(1)骨髓檢查可用于造血系統疾病的診斷，如對白血病的鑒別診斷，對各種貧血的鑒別診斷、多發性骨髓瘤和血小板增加或減少性疾病的診斷。
(2)某些感染性疾病，如感染性心內膜炎時的骨髓培養有助于提高該病診斷的陽性率，在瘧原蟲和黑熱病原蟲感染時，骨髓檢查有助于發現原蟲并明確診斷。
(3)某些惡性腫瘤時，骨髓檢查可以確定是否有骨髓轉移，因為骨髓是許多惡性腫瘤轉移的好發部位。肺癌、乳腺醫學教育網癌、胃癌、前列腺癌易發生骨髓轉移，骨髓檢查可發現相應的腫瘤細胞。
(4)用于骨髓干細胞培養、染色體核型檢查、骨髓細胞免疫學分型試驗等。