過氧化物酶體的功能：
（1）使毒性物質失活
這種作用是過氧化氫酶利用過氧化氫氧化各種底物， 如酚、甲酸、甲醛和乙醇等，氧化的結果使這些有毒性的物質變成無毒性的物質，能有效分解甲醛、甲苯。同時也使H2O2進一步轉變成無毒的H2O。這種解毒作用對于肝、腎特別重要， 例如人們飲入的乙醇幾乎有一半是以這種方式被氧化成乙醛的，從而解除了乙醇對細胞的毒性作用。
（2）對氧濃度的調節作用
過氧化物酶體與線粒體對氧的敏感性是不一樣的，線粒體氧化所需的最佳氧濃度為2%左右，增加氧濃度，并不提高線粒體的氧化能力。過氧化物酶體的氧化率是隨氧張力增強而成正比地提高。因此，在低濃度氧的條件下，線粒體利用氧的能力比過氧化物酶體強，但在高濃度氧的情況下，過氧化物酶體的氧化反應占主導地位，這種特性使過氧化物酶體具有使細胞免受高濃度氧的毒性作用。
（3）脂肪酸的氧化
動物組織中大約有25～50%的脂肪酸是在過氧化物酶體中氧化的，其他則是在線粒體中氧化的。另外，由于過氧化物酶體中有與磷脂合成相關的酶，所以過氧化物酶體也參與脂的合成。
（4）含氮物質的代謝
在大多數動物細胞中，尿酸氧化酶（urate oxidase）對于尿酸的氧化是必需的。尿酸是核苷酸和某些蛋白質降解代謝的產物，尿酸氧化酶可將這種代謝廢物進一步氧化去除。另外，過氧化物酶體還參與其他的氮代謝，如轉氨酶（aminotransferase）催化氨基的轉移。
過氧化物酶體的反應：
各類氧化酶的共性是將底物氧化后，生成過氧化氫。
RH2+O2→R+H2O2
過氧化氫酶又可以利用過氧化氫，將其它底物（如醛、醇、酚）氧化。
R′H2+H2O2→R′+2H2O
此外當細胞中的H2O2過剩時，過氧化氫酶亦可催化以下反應：
2H2O2 → 2H2O + O2