一般來說，凡是能在流動相中離解的組分都可以用高效離子色譜儀進行分析。
一、無機化合物分析：
1、環境水和大氣中無機陰陽離子分析。
2、痕量離子分析：
（1）大體積進樣。
（2）低背景電導。
（3）遠離水負峰的固定相。
（4）在線濃縮。
3、復雜基體中離子分析：
（1）復雜基體的處理。
（2）大交換容量。
（3）預處理小柱。
（4）不同分離方式的柱切換。
4、金屬含氧酸檢測：
電鍍液等。
二、有機化合物分析：
1、食品和飲料中的有機酸分析，如酸味劑和防腐劑等。
2、有機胺類化合物分析。
3、藥物和農藥（特別是無紫外吸收化合物）分析。
4、糖類分析。
5、氨基酸分析。
6、表面活性劑分析。
三、目前解決高效液相色譜難解決的分析問題：
1、糖類分析，比示差折光檢測器的靈敏度高幾個數量級。
2、氨基酸分析，首次采用非衍生化的直接檢測。
3、大量無紫外吸收化合物，高效離子色譜提供了可靠的分析方法。
4、抑制器除鹽使高效離子色譜與質譜更容易匹配。
四、zui新發展動向：
生命科學研究中，有大量水溶性和可電離的有機化合物的分析。
1、糖類和氨基酸分析。
2、核酸分析。
3、蛋白質分析。
4、維生素分析。
5、抗生素分析。
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