高速大容量淘洗轉子離心機是通過改變細胞和淘洗液的相對運動速度實現分離的，即通過改變淘洗液流速、淘洗液密度和轉子轉速達到分離目的。
一、增加淘洗液流速法：
轉子轉速和淘洗液密度保持不變，通過蠕動泵逐步增加淘洗液流速，降低細胞在分離腔內的相對沉降速度，先淘洗出最小的細胞。隨著淘洗液流速的增加，按從小到大的順序把細胞懸浮液中不同大小的細胞分離開來。增加淘洗液流速法是常用分離方法。
二、降低轉子轉速法：
淘洗液流速和淘洗液密度保持不變，轉子先在較高轉速下分離，收集一定范圍內的細胞，然后降低轉子轉速，再收集相應大小的細胞。如此逐步降速，把細胞懸浮液中不同大小的細胞分離開來。
三、改變淘洗液密度法：
轉子轉速和淘洗液流速保持不變，逐步改變淘洗液密度，把細胞懸浮液中不同大小的細胞分離開來。