病因目前不明確。正常黃體機能的維持有賴于丘腦－垂體－卵巢性腺軸功能的完善，大多數學者認為：出現黃體功能不全的原因可能與垂體分泌的黃體生成素（LH）、促卵泡成熟素（FSH）不足；垂體分泌的催乳素（PRL）過多、過少；卵泡本身不成熟，對促性腺激素不敏感有關；黃體本身合成孕激素不足或與雌激素之間的比例不協調等有關。
