鼠疫耶爾森菌感染與多種嚙齒動物有關，可通過跳蚤在陸地動物間傳播。小規模的流行稱為地方獸病，當暴發流行時，大量的同類動物致病(如巖松鼠、大草原狗或其他陸地動物)。
生活和工作在疫區的人可能被感染的跳蚤叮咬，或在剝離死獸皮革時感染，發生腹股溝淋巴結和皮膚鼠疫。吸入來自于感染動物或死亡動物的病菌可引起肺炎、咽炎或結膜炎。
另外，此病可經呼吸道飛沫而致人間傳播。近年來，有報道通過貓經空氣傳染人，引起肺部感染的病例，密切接觸感染病人的醫務人員，有潛在呼吸道吸入感染的危險性。
