生化反應
不同菌株有一定差異。該菌所有菌株均發酵葡萄糖，多數菌株能發酵阿拉伯糖、木糖和甘露糖，只有個別菌株能發酵乳糖和蔗糖。多數菌株還原硝酸鹽。觸酶陽性。一般不分解尿素，不產生硫化氫。
抵抗力
鼠疫耶爾森菌對理化因素抵抗力較弱，濕熱70℃～80℃10分鐘或100℃ 1分鐘死亡，干熱160℃1分鐘死亡，5%來蘇或石炭酸、0.2%的升汞可在20分鐘內殺死痰液中的病菌。在自然環境的痰液中能存活36天，在蚤糞、土壤中能存活一年左右。
變異性
鼠疫耶爾森菌除形態易發生變異外，其生化反應特性、毒力、抗原結構和耐藥性等均可出現變異。與其它腸道桿菌不同，其野生株菌落呈R型，毒力強，經人工傳代培養后，轉變為S型菌落，毒力也隨之減弱。