李蘭娟院士連發兩項“基因組測序”成果

　　浙江大學的李蘭娟(Lanjuan Li)院士是我國傳染病學領域杰出的領軍人物，其從事傳染病臨床、科研和教學工作已有40多年。她不僅是我國人工肝的開拓者，創建的人工肝支持系統治療重型肝炎曾獲得重大突破。還首次提出了感染微生態學理論，從微生態角度來審視感染的發生、發展和結局，為感染防治提供了嶄新的思路。

　　近日，李蘭娟院士課題組宣布她們不僅對分離自腦脊液的耐藥山羊葡萄球菌進行了全基因組測序，還首次獲得了從酵母中提取出的面包乳桿菌的基因組序列草圖。兩篇研究論文發布在《Genome Announc》雜志上。

　　Whole-Genome Sequence of Multidrug-Resistant Staphylococcus caprae Strain 9557, Isolated from Cerebrospinal Fluid

　　山羊葡萄球菌（Staphylococcus caprae）是凝固酶陰性葡萄球菌（CNS）中的一員，最早是從山羊分離出來，已被公認為是一種重要的醫院病原菌。山羊葡萄球菌主要與骨及關節感染有關。此外，它也可以引起侵入性感染，包括尿道感染、菌血癥、心內膜炎、腦膜炎和眼內炎。但目前對于促成其毒力及存活的基因卻知之甚少。

　　在這篇文章中，研究人員從腦脊髓液樣本中分離出了多藥耐藥山羊葡萄球菌菌株9557，對其進行全基因組測序解析了這種細菌致病及耐藥的遺傳基礎。組裝基因組的大小達2,747,651 bp，GC含量達33.34%，獲得了249倍的覆蓋度。基因組序列預期編碼了2,678個基因。

　　基因組分析結果揭示，9557菌株包含各種類型的、與粘附、抗吞噬作用、胞外酶、鐵攝入和分泌系統及溶血素相關的毒力因子。這些毒力因子是粘附宿主、免疫逃避和損傷宿主細胞所必需的。在9557菌株中鑒別這些基因對于闡明可能與毒力和流行分布相關的基因至關重要。此外，研究人員還鑒別出了一些抗菌素耐藥性基因，包括aadD、blaZ、mecA、qnrD、lnuA和msrA基因。

　　進一步搜尋假定的噬菌體元件，揭示出存在一個完整的原噬菌體區域及兩個可疑的原噬菌體區域。有研究證實，原噬菌體與金黃色葡萄球菌的毒力直接相關。但迄今尚未描述過原噬菌體在山羊葡萄球菌中的功能和含量。此外，在這一基因組中研究人員還鑒別出了7個假定的CRISPR重復區域。

　　Draft Genome Sequence of Lactobacillus panis DSM 6035T, First Isolated from Sourdough

　　面包乳桿菌（Lactobacillus panis）最早是從長期發酵的酵母中分離出來，是一種桿狀的革蘭氏陽性的、不會移動的、無孢子細菌。

　　在這篇文章中，研究人員繪制出了面包乳桿菌DSM 6035T的基因組序列草圖。其基因組大小為2.08 Mb，G+C含量為47.9%，與高效液相色譜法檢測結果相似。這一DSM 6035T基因組包含2,047條編碼序列(CDS)、20個不完整的rRNAs和61個tRNA。預計總共有81種非編碼RNAs (ncRNAs)和3個CRISPR序列。

　　研究人員從中發現了一些與糖代謝有關的基因，包括6-磷酸葡萄糖酸脫氫酶、L-核酮糖-5-磷酸-4-差向異構酶等，與以往的結果相一致表明了這一物種是異型發酵。面包乳桿菌的基因組信息對于進一步研究它在食品工業領域和其他方面的應用將非常有用。