4. 梅拉尼生成的輸出文件的上傳
( 1 ) 由梅拉尼軟件生成一個檢測報告，并把它輸出到一制表分隔的文本格式文件 ( 見注釋 9)。 文件擴展名為 “ txt. ” 。 本演示中，使用 PROTICdb Demo, zip 中的 detections /DV02121001. txt 文件。
( 2 ) 從主菜單中選擇 “ form based feeding” →在工具欄中選擇 “ spot detection(new/update) ” 。就會出現一個帶有軟件列表的組合框。
( 3 ) 選擇 “ MELANIE” 軟件，并提交。這時出現 “ spots detection file uploadform” 表單（圖 23-4) 。
( 4 ) 按照以下順序填寫表格：
a. 數字查詢系統：你可以選擇一個參考名稱，通常指主凝膠的名字。
b. 檢測軟件：選擇用于執行檢測的軟件的名稱，這里選擇 “ MELANIE” 。
c. 檢測方法：這里指的是用于檢測蛋白點的方法，如果需要的話，你可以新建或更新一個方法（見注釋 5)。
d. 凝膠成像：選擇做完蛋白點檢測的凝膠名稱，這里選 “ DV02121001”。
e. 掃描方法：指的是用來歸一化蛋白點豐度數據的方法。
f. 主膠：指明所用凝膠是否為主凝膠（或參照凝膠）。在本演示中，凝膠 DV02121001 被視為主凝膠。
g. 權力保護：目前沒有激活。但是，這一項應被列入未來公開發表數據的政策中。
h. 文件：點擊這個按鈕可瀏覽本地計算機磁盤（或網絡分配磁盤），選擇正確的梅拉尼生成的輸出文件。在本演示中，選擇 “ PROTICdb Demo, zip ” 中獲得的 “ detections/DV02121001. txt” 文件。
i. 匹配文件：僅用于非主凝膠的梅拉尼文件上傳。梅拉尼匹配文件包含一張凝膠和主凝膠之間匹配實驗的結果。因為它與本演示無關，留空不填。
所有必填欄目填完后，提交表單。數據庫處理這個文件可能要花很長的時間，這時千萬不要中斷 PROTICdb。如果發生錯誤，根據提示更正，并重新提交 （見注釋 10)。
當處理完畢，系統通過 e- mail 將成功/錯誤的通知發送給用戶。如果發生了錯誤，不記錄任何蛋白點的鑒定數據。要按照提示更正，并重新提交。
注明蛋白點的位置和豐度數據的凝膠成像現在可以在凝膠瀏覽器上顯示了（見 23.3.5 , 凝膠瀏覽器)。
3.3 基于文件的數據庫填充：從個別植物到質譜
在這個數據提交實例中，我們將看到如何提交蛋白點檢測和質譜鑒定結果。首先，我們必須創建或選擇一個項目 （ 見 23.3.2 ) ，之后填充關于植物、植物樣品、蛋白提取、凝膠以及成像的所有信息。這些數據將用來演示數據填充的第二種方法，即基于文件的填充方法。
1. 上傳 “plant2image” 文件
( 1 ) 打開 PROTICdb 主頁，并登錄網頁。
( 2 ) 從主菜單— “project selector” 中選擇一個項目，或者創建一個新項目。
( 3 ) 選擇主菜單— “file based feeding” — “plant2image ( txt 文件) ” （彈出菜單）。這時顯示 “plant to image file upload” 和 “gel image file upload” 表單。
( 4 ) 在 “ plant to image file upload” 表單中選擇或創建一個實驗（見注釋 4 ) 。
( 5 ) 從 “ plant to image file upload” 表單中檢索 “ plant2image” 文件，用瀏覽器按鈕上傳。在本演示中，可在PROTICdb Demo, zip 找到上傳的 Plant2image. txt 文件。通過點擊 “ here is the excel template file” 這個鏈接，就可以訪問一個 plant2image 模板文件（見注釋 11)。這個文件的每一行分成 5 個部分描述一個樣品：圖像，凝膠，蛋白質樣品制備和凝膠上樣，植物樣品的采集，以及植物的描述。當填寫完這些部分，選擇 “tabulation-separated text” 保存該文件。
( 6 ) 在 “Plant2image file upload” 表單中點擊 “submit” 按鈕（千萬不要點擊第二張表單中的提交按鈕）。然后用 proticdb 處理這個文件。這可能會很耗時。處理過程中不要中斷處理進程。眾多的測試是要確保數據的一致性使其與受控詞匯相配。提交文件中的方法名稱必須符合已經在數據庫中描述過的方法名稱（新方法必須在事前被記錄；見注釋 5) 。如果測試失敗，系統將通過 e-mail 將錯誤報告的郵件發送給當前用戶，不保存所有數據。這時應按照錯誤報告建議更正并重新提交全部文件。如果處理成功，一份成功報告也會通過 e-mail 發出。
( 7 ) 從 “ gel image file upload” 到 “ image file format， ” 選擇 “ jpg . ” 瀏覽您的電腦磁盤，選擇與 plant2image 文件中描述的數據相對應的凝膠成像文件（見注釋 8) 。JPG 格式凝膠圖像必須用這個表單一張一張地上傳。在本演示中，上傳的 DV02041611.jpg 和 TB02052306.jpg 文件保存在 “ demo, zip” 壓縮文件中。
( 8 ) 提交 “gel image file upload” 表單。