( 10 ) 鼠標左鍵點擊同一個點（342 號）（見注釋 20) ，激活蛋白點信息框。蛋白點的數據按以下 4 個條目排列：概要、關系、鑒定和量化。每個條目對應的信息可被不斷充實。其中鑒定包括質譜的詳細數據。
( 11 ) 開發鑒定、質譜詳細數據和下一個子目錄。從質譜數據分析得到了每個匹配結果，首先得到的 3 個匹配條目是序列定義、全球鑒定分值（質譜匹配分值）和序列存取編號，這個編號與對應的數據庫鏈接。
( 12 ) 用鼠標左鍵雙擊 342 號蛋白點的 “696997/entrez” 鏈接，進行第一次比對。一個顯示 AAF34134 NCBI Entrez 數據庫序列報告的新窗口跳出（見注釋 21)。可能的話 ，還會顯示相應的 Swiss-Prot 關鍵詞和 GO 條款。還可以直接鏈接到 EBI GO Browser QuickGO。 下一個可獲得的信息關于可以用來進行比對的肽段。包括多肽的序列及其分值（Seques 或 Mascot 格式) 。根據提交給數據庫的信息，量化項目可提供蛋白點的面積，體積或峰高等值。蛋白點尋找系統可幫助我們在一張凝膠中定位一個蛋白點。
( 13 ) 用鼠標左鍵點擊 DV02041611 凝膠窗口，以確定這個窗口被激活。
( 14 ) 從菜單工具欄中選擇 Tools→Find 或同時按 Ctrl f 鍵。
( 15 ) 輸入數字 1647，點擊 OK。DV02041611 被放大，1647 號蛋白質點被一個黃色的閃動環標記。我們現在可以進行 DV02041611 和 TB02052306 的比較。
( 16 ) 使用右下角的滾動桿將 1647 號蛋白點移動到凝膠圖像的中心部位。
( 17 ) 從菜單工具欄中選擇 Tools→Synchronize 或同時按 Ctrl s ( 見注釋 22) 。兩張凝膠的圖像出現在同一個視野里。如果這兩張凝膠圖像差別很大，將無法顯示，可能需要使用滾動桿調整這兩張凝膠圖像。
( 18 ) 從菜單工具欄中選擇 Tools，復選 Link 或同時按 Ctrl 1。
( 19 ) 拖動兩個縮略圖中的一個藍色方框。這兩張凝膠圖像顯示區域要被同時更新，以保證其同步。但是，本地凝膠可能會導致同步丟失，可通過滾動桿手動調節。
( 20 ) 回到 1647 號蛋白點區域（DV02041611) ，重復第 13 步到第 17 步的過程。這里很容易發現 TB02052306 中的蛋白點與 DV02041611 中的 1647 號蛋白點相對應。這個點就不需要再鑒定，也不必切下來去做質譜實驗，除非用戶認為質譜輸出數據（可從蛋白點信息框中看到）的質量不高。
2. 知識庫的填充
知識庫是用來存儲專家們進行凝膠圖像比對所得到的結果。存儲同一張凝膠上兩個蛋白點或是兩張主膠上的兩個蛋白點的二元關系。例如，比對、物理作用、等位性、轉導后修飾狀態等。用戶可以自由創建任何關系類型。當兩個蛋白點相互關聯，它們就可共享像鑒定結果這樣的信息。PROTICdb 會根據從知識庫中搜索得到的相關性，自動建立蛋白點網絡。例如，如果點 A 與點 B 鏈接，而點 B 又與點 C 鏈接，那么數據庫會建議點 A 和點 C 鏈接。這樣可使用戶得到新的信息。如果點 A 是唯一一個被鑒定過的，那么數據庫將建議相同的鑒定結果給點 B 和 C，在知識庫不斷完善和充實時，越來越多的信息被這幾個蛋白點共享，使得蛋白點的注釋被不斷地更新（包括原來的實驗結果），因此可避免不必要的質譜分析和建立新的假設。
( 1 ) 訪問 PROTICdb 主頁，并登入網頁。
( 2 ) 開啟凝膠瀏覽器：主菜單→凝膠瀏覽器（見注釋 16)。
( 3 ) 從 “ Projects” 內框中選擇主凝膠 DV02041611 ( DLFMELANIE) ，點擊“ Load” 按鈕（見注釋 18 、注釋 19)。
( 4 ) 重復第 3 步驟，選擇 DV02121001 (DLFM 02121001) 。
( 5 ) 激活 Ident，顯示模式：菜單工具欄→Mode→Ident 或同時按 Alt i。
( 6 ) 鼠標左鍵單擊 DV02041611 凝膠窗口，激活它。
( 7 ) 尋找 1647 號蛋白點：主菜單→Tools→Find 或同時按 Ctrl f 鍵 ，鍵入 1647，點 OK。1647 號蛋白點被黃色閃光圈標記。
( 8 ) 如果需要，用移動滾動桿將這個點移到窗口中央。
( 9 ) 從菜單工具欄中選擇 Tools→Synchronize 或同時按 Ctrl s ( 見注釋 22) 。盡管是同步的，兩個顯示區域不相互對應。凝膠 DV02121001 的右邊區域就在顯示區上面。
( 10 ) 移動滾動桿調整凝膠 DV02121001 顯示區使它與第二塊膠相對應。為了做到這點，參考 DV02041611 ( DLFMELANIE ) 凝膠上的紅色點和定位在這塊膠左邊的 5 個其他蛋白點，去尋找在 DV02121001 膠上的相應的蛋白點。你可能只需移動右邊的滾動桿。如果沒找到正確位置，那么在 DV 02121001 凝膠中尋找編號為 1752 的蛋白點( 見第7 步）然后把這個點移到窗口中心位置。現在兩張凝膠圖像同步了，你可以發現紅點（DV02041611 膠上的 1647 號點）可以與 DV02041611 上的 1757 號點進行比對。你也會發現 DV02041611 上的 1757 號點還沒被鑒定。我們來說說這兩個點的匹配關系吧。申請表的標題欄（在主窗口的最上邊）顯示（ 你用了許多演示，如果可能盡量使用同義詞）知識庫填充工具的設置：關聯模式設置為 OFF，關聯方式設置為手動比對。我們首先要激活關聯模式。
( 11 ) 從菜單工具欄中選擇 Association，然后復選 Association mode 或同時按 Ctrl a。
現在 Association mode 設置為 ON。新的進入關系---手動比對已被設置。你可以通過默認的方式檢查所有能使用的關系。這個菜單是用戶可以自行配置的 （見 PROTICdb 管理網站上蛋白點鏈接編輯頁）。
( 12 ) 單擊 DV02041611 凝膠窗口，激活它。
( 13 ) 右鍵點擊紅色點（在凝膠 DV02041611 上的 1647 號點）。這個點會被紅圈圈起來。
( 14 ) 單擊 DV02121001 凝膠窗口，激活它。
( 15 ) 右鍵點擊比對點（凝膠 DV02121001 上的 1757 號點）。該點被紅圈圈定，同時跳出確認框。你可以為這個新關系添加注釋，然后點 OK 生效。
( 16 ) 點擊 OK。一個確認框出現，證實新的關系已被成功地注冊到數據庫。
( 17 ) 從菜單工具欄中選擇 Mode→Relation，或同時按 Alt r 鍵 。這次只有包含至少一個關系的點被藍色十字標記。