全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（一）
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer”發表在著名學術期刊《Cell》(IF 31.4)上。接下來，就一起來看下研究人員是如何利用高通量測序技術RNA-seq和大規模shRNA文庫技術揭示circRNA在局限性前列腺癌中表達特征和生物功能的。文章導讀：前列腺癌是人類特有的疾病，在歐美是男性最常見的惡性腫瘤之一，在美國前列腺癌發病率占第1位，死亡率僅次于肺癌。加拿大多倫多大學的研究者首先選取了144例有詳細臨床信息的前列腺癌樣本，進行全轉錄組測序（RNA-seq），共識別鑒定了7千多個circR......閱讀全文
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（一）
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Circ
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（二）
3. 環狀RNA的差異表達與前列腺癌的進展有關研究者對144個前列腺癌進行了聚類分析，與線性RNA相比，環狀RNA最強模式與它們在每個樣本中的總體豐度相一致。另外，極端circRNA分布的患者的預后明顯較circRNA分布穩定的患者差，同時極端circRNA index組也與更高的轉移發生率
《Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制！
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
全轉錄組測序的“一箭三雕”：circRNA，lncRNA，mRNA
1. 文章主題：環狀RNA通過靶向miRNA調控的信號傳導促進結直腸癌的轉移發表期刊：Journal of pathology影響因子：5.942發表時間：201906實驗方法：全轉錄組測序實驗樣本：結直腸癌組織肝轉移是結直腸癌（CRC）患者的主要死亡原因。作者使用全轉錄組測序在CRC肝轉移的小鼠模
轉錄組測序和全轉錄組測序的區別
全轉錄組廣義上是指細胞在特定狀態下所能轉錄出來的?所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA?。借助高通量測序技術，可以全面獲取樣本中轉錄產物信息，結合競爭性內源RNA ( ceRNA)機制， 進行聯合分析，深入挖掘轉錄水平調控網絡。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有
全轉錄組測序文章
研究背景? ? ?? 長鏈非編碼RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被認為是一類不能編碼蛋白的長鏈RNA。由于其序列較長，所以可以有較大的潛力形成多種復雜構象，從而通過不同生物學途徑發揮其作用。此外，由于其不具備蛋白編碼能力，因此此類RNA也主要由其堿基序列形成的高級
轉錄組+蛋白組聯合，揭示microRNA調控靶點與功能機制－一
基因水平的研究發現miR-137與多種神經精神疾病存在相關性。同時，miR-137在正常的神經發生與神經發育過程中也具有重要作用。但是，miR-137的體內功能與作用機制仍然不清楚。為了揭示miR-137的功能，該研究構建了miR-137 KO動物，并對KO動物的突觸可塑性、學習能力等多種神
新研究揭示動物斷腿再生的轉錄調控機制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518620.shtm
新研究揭示動物斷腿再生的轉錄調控機制
近日，華南師范大學生命科學學院教授李勝和研究員任充華合作，以美洲大蠊為研究對象對其肢體再生的轉錄調控機制進行解析，找到了兩條（BMP/JAK-STAT-zfh-2-B-H2和Notch-drm/bowl-bab1）在再生過程中分別控制著前期基芽細胞增殖和中后期形態建成的轉錄級聯通路。相關成果以長文（
馮銀剛課題組揭示新細菌轉錄調控因子的結構功能機制
近年來，在一些梭菌和桿菌中發現一類廣泛存在的σ因子及其共轉錄的抗σ因子——SigI和RsgI，它們的一些結構域和已知蛋白沒有同源性，代表了一類新的特殊的細菌σ/抗σ因子。熱纖梭菌等一些產纖維小體細菌具有8-16對的SigI/RsgI因子，這在其他已知類型的σ/抗σ因子中比較少見。已有的研究表明這
Nature－Aging:揭示調控靈長類器官衰老的表觀轉錄組機制
m6A是目前已知的真核細胞mRNA上最常見的一類化學修飾，其建立、讀取和擦除分別受到相應甲基化酶（writer）、結合蛋白（reader）以及去甲基化酶（eraser）的動態可逆調控。研究表明，m6A能夠通過調節mRNA的剪接、出核、穩定性以及翻譯等生命周期活動，參與調控機體的諸多生理或病理進程，包
RNA測序技術如何繪制全基因組轉錄終止？
近日，南方科技大學生命科學學院翟繼先團隊利用納米孔單分子RNA測序技術繪制了擬南芥全基因組水平轉錄終止圖譜。該方法能同時捕獲包括已轉錄過polyA位點的 readthrough轉錄本、完成3’末端切割的5’或3’切割產物、以及已完成或正在進行多腺苷酸化（polyadenylation）的轉錄本在
circRNA在胃癌海綿調控機制的應用（一）
環狀RNA (circRNA)作為新型非編碼RNA,具有比線性RNA更加穩定的環狀結構，可通過多種機制調控靶基因。近年來，circRNA被發現在多種腫瘤組織和細胞中異常表達，作為腫瘤的診斷生物標志物或治療靶點，具有巨大的價值，受到廣泛的關注。癌癥新的證據表明，circRNAs在癌癥的發生發展中起
全基因組及轉錄組測序案例分析
案例：應用全基因組測序和 RNA 測序來描繪常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）的基因圖譜 背景：常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）是機體免疫應答反應中不能產生抗體的最主要原因。CVIDs 變異度很高，大概 5% 的病人是由基因改變引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
轉錄組測序揭示乳腺癌重排
即將在本周《美國科學院院刊》（PNAS）的網絡版上發表的一篇論文中，一個國際研究小組介紹了一項利用高通量的轉錄組測序來發現乳腺癌細胞系中的基因組重排的原理論證研究。美國克萊格凡特研究院（J.Craig Venter Institute）、Lugwig癌癥研究所的三個分所、以及紐約斯隆-凱特琳癌癥
NAT－NEUROSCI轉錄組+蛋白組聯合揭示microRNA調控靶點功能機制
基因水平的研究發現miR-137與多種神經精神疾病存在相關性。同時，miR-137在正常的神經發生與神經發育過程中也具有重要作用。但是，miR-137的體內功能與作用機制仍然不清楚。為了揭示miR-137的功能，該研究構建了miR-137 KO動物，并對KO動物的突觸可塑性、學習能力等多種神經功
轉錄組+蛋白組聯合，揭示microRNA調控靶點與功能機制－二
4．轉錄組、蛋白組揭示miR-137調控底物。蛋白組結果發現：Mir137–/–組versus Mir137+/+組, Mir137+/–組versus Mir137+/+組, and Mir137–/–組versus Mir137+/–組，分別篩選到417、94和76個差異表達蛋白。這些蛋白與
又傳喜訊云序客戶一次測序兩項成果影響因子合計10分！
感恩有你，一路同行，新年快樂！ 感恩有你，一路同行！2019年伊始，云序生物攜全體員工對一直以來關心和支持公司發展的廣大新老客戶致以最誠摯的問候！一元復始，萬象更新！轉眼間我們迎來了2019年，站在新時代新的歷史起點，回望剛剛過去的2018年，不斷創新收獲碩果豐盈；展望2019，任重道遠卻
云序環狀RNA研究策略在環狀RNA研究的應用（二）
4.對年齡相關性白內障circRNA的分析顯示，circZNF292可以通過海綿機制調節miR-23b-3p功能發表期刊：Aging-us影響因子：4.831發表時間：2020.9.10研究方法：全轉錄組測序、qRT-PCR、RIP、RNA pull down、雙熒光素酶實驗等云序提供文章鏈接：Pr
科學家開發單細胞全轉錄組測序新技術
北京大學生物動態光學成像中心黃巖誼、湯富酬課題組在《美國科學院院刊》（PNAS）上發表題為“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的論文。該研究利用微流控芯片技術實現了高質量單細胞的全轉錄組測序樣品準備，全面提高了單細胞全
上海生科院首次揭示一條新lncRNA調控MYC轉錄的新機制
3月25日，國際學術期刊《細胞研究》(Cell Research)在線發表了中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組的最新研究論文Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-ran
直接RNA測序、串聯質譜法揭示新冠轉錄組和蛋白質組特征
此前，南開大學高山、阮吉壽等在中國預印本ChinaXiv網站發表論文，稱新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位點。近日，發表在預印本網站bioRxiv上的一篇論文使用直接RNA測序和串聯質譜法表明了SARS-CoV-2的轉錄組和蛋白質組的特征，揭示了細胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位點的
全基因組測序揭示喀斯特植物適應性進化機制
中國南方喀斯特起源古老、分布廣泛，被認為是生態與進化研究的“天然實驗室”。中國科學院華南植物園研究員康明團隊等完成了首個喀斯特植物懷集報春苣苔的全基因組測序。相關研究近日在線發表于《新植物學家》。 喀斯特植物是我國植物多樣性和特有性的重要組成部分，但迄今為止對喀斯特植物的多樣性起源和適應性進
睪丸間質細胞（LCs）m6A修飾提供新治療靶點在不育癥...3
總結：?細胞的生長與分化依賴于基因的調控表達方式，越來越多的研究表明m6A 甲基化在更多領域發揮著關鍵作用，而本文作者正是利用多組學MeRIP,?RIP,?CoIP,?CHIP（云序生物提供此服務）等多種技術聯合分析，揭示了m6A修飾通過影響Camkk2轉錄的穩定性和Ppm1a的翻譯效率調節LC
轉錄組測序原理
而轉錄組測序即是利用高通量測序技術，將細胞或組織中的全部或部分mRNA, miRNA, lnc RNA 進行測序分析的技術。通過RNA-seq，也就是轉錄組測序，可以幫助我們了解各種比較條件下所有基因的表達差異包括：正常組織與腫瘤組織；藥物治療前后的表達差異；發育過程中，不同發育階段，不同組織的表達
轉錄組測序與轉錄表達譜測序的異同
轉錄組測序可以得到特定條件下所有mRNA轉錄本的豐度信息，從而發現新的轉錄本和可變剪接體基因表達譜(gene expression profile)：指通過構建處于某一特定狀態下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫,大規模cDNA測序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成,從而描繪該特
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews G
【技術前沿】空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic