拷貝數變異 (CNV) 是基因座的野生型拷貝數相比參考基因組增加或減少造成的基因組失衡。這些基因組改變從小的 (小于10 kb) 插入或缺失到大的 (超過1 Mb)、復雜的多等位基因復制均有。CNV是人類基因組中最常見的遺傳變異，與多種疾病有關，包括癌癥或遺傳性疾病易感性 [1, 2]。因此，我們需要簡單可靠的方法定量CNV，用作潛在的生物標記物，并用于了解腫瘤形成的分子機制。
目前的CNV評估方法如表1所示。這些方法包括原位雜交，但該方法耗時、費力且結果分析具有主觀性 [3]。陣列比較基因組雜交 (aCGH) 可以提供更高的精度，但該方法需要大量的操作時間且分辨率取決于所需的陣列類型 [4]。最近，下一代測序技術的進步使得通過單次運行即可經濟高效地檢測多種類型的遺傳變異成為可能 [5]。最后，在目前所有方法中，實時熒光定量和數字PCR技術提供了最簡單的工作流程，可以獲得準確的拷貝數結果，且操作時間極短，周轉時間較快。
利用傳統實時熒光定量PCR儀器和軟件，TaqMan?Copy Number Assay可廣泛應用于CNV評估。產品提供了逾160萬種預設計Assay和定制設計工具，以及簡單的工作流程，可以獲得特異且高度可重復的拷貝數結果。盡管該工作流程具有諸多明顯的優勢，但是采用傳統實時熒光定量PCR運行拷貝數分析的限制之一是測量精度下降，后續測量亦會出現倍增或損失。在許多情況下，測量精確度不夠，無法用于高拷貝數或極小的拷貝數差異檢測。
QuantStudio?3D數字PCR系統采用數字PCR (dPCR) 技術——能夠實現高度精確的測量，區分拷貝數的微小變化。在本應用說明中，我們證明了低拷貝數和高拷貝數基因的精確測量。結果證明，該方法的分辨率優于實時熒光定量PCR，且可重復性高，即便是使用福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 的組織樣本亦是如此。我們還提供了同一基因組區域內緊密連鎖基因的拷貝數測量的一般指南。我們的結果證明，QuantStudio?3D系統可提供一種靈敏、準確且可靠的CNV分析方法，適用于癌癥研究及其他領域，具有無與倫比的精度。