ABSOLiD測序儀

AB SOLiD測序儀可以對由任何方法制成的DNA文庫進行測序。AB SOLiD測序儀有一個極大的特點就 是能夠將富集模板片段的微珠在芯片上進行高度可控的任意排列。AB SOLiD測序儀也是使用如圖5a中所示 的微乳液PCR方法擴增模板片段的，不過，它這里使用的是直徑只有1μm的小磁珠。PCR擴增反應結束之 后，微乳液滴被打破，小磁珠被富集起來固定到固態平板上，制成高密度測序芯片。后面的合成測序法由 DNA連接酶而非DNA 聚合酶 完成。
首先，通用引物與模板片段兩端的接頭序列互補結合，然后連接酶將一個被熒光標記的8bp長的核酸探 針片段（fluorescently labeled octamers）連接到引物末端（圖6c）。這段8bp長的核酸探針片段是經過設計 的，比如其中第五位堿基上就標記了熒光。連接反應完成之后，就可以采集熒光圖像，然后在第五位堿基和 第六位堿基之間切斷，去掉熒光標簽。如此反復，就可以獲得每間隔四個堿基的第五號堿基的確切信息，比 如第5號堿基、第10號堿基、第15號堿基以及第20號堿基等等。經過幾輪這樣的循環之后，已經獲得延伸的 引物會變性脫落，再重新結合上新的引物從頭開始新一輪測序，不過這一次可能獲得的是第4號堿基、第9號 堿基、第14號堿基以及第19號堿基的信息。我們可以使用不同長度的引物（+1或者-1）或者使用在不同位點 （比如第2號堿基）標記熒光的8bp核酸探針片段達到這個目的。如此反復，最終就能獲得整條模板片段的完 整序列信息。
AB SOLiD測序儀還有一個特點就是使用了雙堿基編碼技術（two-base encoding），該技術具有誤差校 正功能，因為它是通過兩個堿基來對應一個熒光信號而不是傳統的一個堿基對應一個熒光信號，這樣每一個 位點都會被檢測兩次，因此出錯率明顯降低。
Polonator測序儀是一個和AB SOLiD測序儀比較相似的產品，因為它也運用了J.S等人和哈佛大學 Church研究小組開發的部分系統。Polonator測序儀同樣也使用微乳液PCR法擴增模板片段，使用連接酶法 測序。不過，Polonator測序儀的價格要比其它第二代測序儀低得多。而且更重要的是，Polonator測序儀是 一個開源的設備，用戶可以通過自己編程“設計”出最適合自己的測序儀。不過，Polonator測序儀目前可測 序的長度還非常有限。
值得注意的是，454測序儀、SOLiD測序儀以及Polonator測序儀還都存在一個共同的不足，那就是微乳 液PCR技術實在是太過麻煩并且對實驗操作的技術要求較高。不過從另一方面來說，使用僅僅只有1μm大 小的磁珠構成的高密度測序芯片進行測序（不論是使用 聚合酶 法、 連接酶 法，還是其它的生化方法）是最有 可能實現的高通量測序方法。因為1μm是衍射技術（diffraction）所能分辨的極限大小了。另一方面，最近 報道的使用1μm磁珠進行高分辨率芯片點樣技術的突破，使我們有望實現每個測序模板一個像素（one pixel per sequencing feature）的愿望。