1.胰島β細胞分泌功能的評價
由于胰島素和C肽以等摩爾由胰島β細胞分泌，且C肽在肝臟攝取很少，在外周血中降解又慢，也不和胰島素抗體發生交叉免疫反應，所以C肽值可較確切地反映胰島β細胞的儲備和分泌功能。
2.糖尿病的分型診斷
空腹C肽水平和C肽釋放實驗對1型和2型的鑒別有重要意義。1型糖尿病空腹和餐后各時相C肽水平均較低，提示1型糖尿病患者胰島β細胞分泌功能有嚴重缺陷。2型糖尿病患者空腹C肽值并不低，甚至可高于正常人，但在糖負荷后C肽值低于正常，峰值延至2小時之后出現，說明胰島素釋放功能欠佳，胰島β細胞儲備功能不足。
3.低血糖的鑒別診斷
（1）內源性低血糖：如胰島B細胞瘤，糖耐量曲線低平，胰島素與C肽濃度均升高；
（2）外源性胰島素過量所致低血糖：血清胰島素升高，而C肽并不升高甚至降低。
4.其他相關疾病
了解胰島移植是否存活除監測血糖外，還應測定C肽以了解移植后胰島β細胞的分泌功能；胰腺腫瘤患者行胰腺全切除后，如血清C肽仍可測出，提示手術未能全部切除胰腺組織，如果手術后一度陰性，后又成為陽性，則提示腫瘤復發或轉移；患肝炎或肝硬化時，肝臟對胰島素攝取減少，血中胰島素水平有升高趨勢，而C肽受其影響小，血中C肽與胰島素比值降低；發生腎病時C肽降解減慢，血中C肽水平升高，C肽與胰島素比值明顯高于正常；在多囊卵巢綜合征（PCOS）婦女中可檢查C肽水平，以幫助確定胰島素抵抗程度。