該基因編碼的蛋白質是屬于pebp2/cbf轉錄因子家族的異二聚體核心結合轉錄因子的β亞單位，該轉錄因子家族主要調控造血（例如runx1）和成骨（例如runx2）特異性基因的宿主。β亞單位是一種非DNA結合調節亞單位；當復合物與各種增強子和啟動子（包括小鼠白血病病毒、多瘤病毒增強子、T細胞受體增強子和GM-CSF啟動子）的核心部位結合時，它通過α亞單位變構增強DNA結合。選擇性剪接產生兩個mRNA變異體，每個變異體編碼一個不同的羧基末端。在某些情況下，16號染色體的中心周圍逆轉錄[inv（16）（p13q22）]在與平滑肌肌球蛋白重鏈11的C端部分融合時產生由核結合因子β的N端組成的嵌合轉錄物。這種染色體重排與M4EO亞型的急性髓性白血病有關。兩個編碼不同亞型的轉錄變體已經被發現。